公司不打卡扣工资是否合法，主要取决于公司规章制度是否合法、合理，并且是否得到了员工的明确同意，以及扣款行为是否违反了国家法律法规。在合法合规的前提下，因员工未按规定打卡而扣减工资可能被视为合理；反之，则可能构成违法行为。以下是对此问题的详细分析：

合法的情况

1. 合法且完善的规章制度

   • 公司制定了完善且合法的考勤制度，明确规定了不打卡的处理方式（包括扣工资），且该制度经过了民主程序制定（如职工代表大会讨论通过），并与工会或职工代表平等协商确定。
   • 制度已向劳动者公示或告知，员工入职时已知悉并同意。例如，公司《考勤管理办法》规定员工无正当理由未打卡将扣除当日工资的一定比例，该办法经职工代表大会讨论通过并公示，员工入职时签署知晓文件。
   • 法律依据：根据《中华人民共和国劳动合同法》第四条，用人单位应当依法建立和完善劳动规章制度，保障劳动者享有劳动权利、履行劳动义务。用人单位在制定、修改或者决定有关劳动报酬、工作时间、休息休假、劳动安全卫生、保险福利、职工培训、劳动纪律以及劳动定额管理等直接涉及劳动者切身利益的规章制度或者重大事项时，应当经职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定。在规章制度和重大事项决定实施过程中，工会或者职工认为不适当的，有权向用人单位提出，通过协商予以修改完善。用人单位应当将直接涉及劳动者切身利益的规章制度和重大事项决定公示，或者告知劳动者。

2. 不打卡导致无法统计出勤

   • 考勤打卡是统计员工出勤的常见方式，员工不打卡可能导致用人单位无法准确了解出勤情况和工作时长。在这种情况下，用人单位基于管理需要，按照既定规则扣减工资具有一定合理性。例如，弹性工作制度但仍需打卡记录的岗位，员工不打卡，公司难以判断其是否完成规定工作时长。

3. 扣款在法律允许范围内

   • 扣减后的工资不得低于当地最低工资标准。
   • 扣除的部分通常不能超过劳动者当月工资的合理比例（如20%以内），具体根据地区法律法规和公司规定确定。例如，若因未打卡扣除的金额相当于员工一小时的工资，且扣除后工资仍高于最低工资标准，这种扣钱方式是合理的。

不合法的情况

1. 规章制度不合法

   • 考勤制度未经民主程序制定或内容违反法律法规强制性规定。例如，公司规定漏打卡一次就扣除当月全部工资，明显不合理且违法。

2. 存在正当理由未打卡

   • 员工因合理客观原因未打卡，如打卡设备故障、因公外出等，且已及时向公司报备并提供相关证明。例如，员工外出拜访客户期间因打卡设备故障未能打卡，并及时向公司提供了外出工作证明。

3. 劳动合同中无相关规定

   • 劳动合同中未明确规定打卡与工资之间的关系，或公司未提前告知员工未打卡将扣工资。在这种情况下，公司单方面以不打卡为由扣减工资可能构成违法行为。

员工权益保护与建议

• 公司层面：在制定和执行考勤制度时，应确保制度的合法性和合理性，充分考虑员工权益和感受，遵循公平、公正的原则。对于因特殊原因无法按时打卡的员工，应给予合理的解释和补救措施。
• 员工层面：应了解自己的权利和义务，在入职时仔细阅读并理解公司规章制度和劳动合同条款。如遇不公正待遇，应及时与公司协商解决；协商不成时，可向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁来维护自己的合法权益。例如，若公司无故扣减员工工资，员工可向人社局的劳动监察大队举报投诉，要求查处；也可依据《中华人民共和国劳动争议调解仲裁法》向劳动争议仲裁委员会申请劳动仲裁，要求支付被非法扣除的工资及赔偿金；在劳动关系终止的情况下，员工应自劳动关系终止之日起一年内提出劳动仲裁申请。

综上所述，公司不打卡扣工资是否合法需根据具体情况判断。公司应确保规章制度的合法性和合理性，员工也应了解自己的权利义务并在必要时采取相应措施维护自身权益。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。