针对您提出的“员工写了离职报告但不来办理离职手续该如何操作”的问题，结合劳动法相关规定及实务操作经验，我的分析如下：

1. 明确法律关系与员工义务
   根据《劳动合同法》第三十七条，员工提前30日（试用期3日）书面通知用人单位即可解除劳动合同，但“通知”不等于“手续办结”。员工有义务配合办理工作交接、归还财物、结清薪资等离职手续，否则可能构成违约或侵权。

2. 分情况处理建议

   • 情况一：员工未到30日通知期满即离职
     若员工在通知期内擅自离岗，用人单位可按规章制度认定为旷工，并依据《劳动合同法》第三十九条第二款（严重违反规章制度）解除劳动合同，无需支付经济补偿。但需注意：

     • 规章制度需经民主程序制定并公示；
       
     • 解除通知需送达员工（建议通过EMS邮寄并留存凭证）。
       

   • 情况二：员工通知期满后仍拒办手续
     此时劳动合同已合法解除，用人单位可采取以下措施：

     • 书面催告：通过律师函或书面通知要求员工限期办理手续，并告知逾期后果（如扣发最后工资、追究损失等）；
       
     • 暂扣最后薪资：根据《工资支付暂行规定》第十六条，可暂扣相当于损失的工资（如未交接导致客户流失、财物损坏等），但需保留损失证据；
       
     • 单方出具离职证明：即使员工未配合，用人单位仍需在15日内出具离职证明（《劳动合同法》第五十条），否则可能面临行政处罚或赔偿风险。
       

3. 风险防范要点

   • 完善离职流程：在劳动合同或规章制度中明确离职手续清单（如交接内容、归还物品、确认无纠纷等）及逾期责任；
     
   • 留存书面证据：保存员工提交的离职报告、催告通知、交接记录等，避免口头沟通；
     
   • 避免违法操作：切勿扣押员工档案、社保关系或威胁报复，否则可能引发劳动仲裁或诉讼。
     

总结：员工提交离职报告后拒不办理手续，用人单位应先通过书面催告明确权利义务，再根据情况选择解除合同或暂扣薪资等合法手段，同时确保自身流程合规以规避风险。如有具体证据或细节需要分析，可进一步向我提供材料，我会为您定制解决方案。