当员工离职但不来公司办理离职手续时，这确实是一个需要妥善处理的问题。以下是一些详细的建议，帮助您解决这一问题：

一、明确法律义务与风险

1. 法律义务：

   • 根据《劳动合同法》规定，劳动者解除劳动合同应提前通知用人单位，并办理工作交接。员工未履行此义务可能构成违法解除。

2. 企业风险：

   • 员工不办理离职可能导致工作交接不畅、商业秘密泄露、经济损失及法律风险，如未结清工资争议等。

二、采取的具体措施

1. 书面通知与催告：

   • 通过EMS、电子邮件等正式方式发送通知，要求员工限期返岗办理离职手续，并明确告知逾期后果。
   • 保留通知送达的证据，如签收记录、邮件截图等，为后续可能采取的法律行动提供支持。

2. 联系紧急联系人或家属：

   • 若无法直接联系到员工，可以尝试通过其入职时提供的紧急联系人或家属来获取沟通渠道。
   • 在此过程中，务必注意保护员工隐私，仅说明需办理离职手续的事宜。

3. 远程办理离职手续：

   • 提供线上文件签署平台，如电子合同系统，以完成离职协议的签署。
   • 通过视频会议等方式确认工作交接内容，并录制过程作为证据留存。

4. 暂停社保公积金缴纳：

   • 向当地社保部门提交书面申请，附上员工失联证明及催告记录，依法暂停缴纳社保公积金。
   • 但需持续跟进此事，以避免影响员工后续权益而引发纠纷。

5. 扣发工资需谨慎：

   • 根据法律规定，除法定情形外，不得随意克扣员工工资。
   • 若因员工未办理离职而给公司造成损失，应通过协商或法律途径进行追偿。

6. 寻求法律援助：

   • 咨询专业律师，评估法律风险，并制定合规的处理方案。
   • 在律师的指导下，向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁/诉讼。

7. 完善内部管理制度：

   • 修订劳动合同，增加离职手续办理的相关条款，明确双方的权利和义务。
   • 建立离职预警机制，对异常离职行为及时介入处理，以减少潜在风险。

综上所述，处理员工离职但不来公司办理离职手续的问题时，企业应遵循法律法规，采取合理、合规的措施来维护自身权益，并尽量确保员工的合法权益不受损害。同时，完善内部管理制度也是预防此类问题发生的关键。