针对您提出的问题，当员工辞职后公司通知她过来办理离职手续但她不来时，公司可以采取以下步骤来妥善处理：

首先，公司应再次以书面形式（如电子邮件、信函等）正式通知该员工，明确告知她需要前来办理离职手续的具体时间、地点以及所需携带的相关材料。在通知中，可以强调办理离职手续的重要性，以及不按时办理可能带来的后果，比如影响社保、公积金的转移，或是未来就业时可能遇到的证明文件缺失等问题。

如果员工在收到通知后仍然拒绝前来办理离职手续，公司可以尝试通过电话或视频会议等远程方式与她进行沟通，了解她拒绝办理的具体原因，并尝试解决她的疑虑或问题。有时候，员工可能因为某些误解或困难而暂时无法前来，通过沟通可以帮助双方找到解决方案。

如果远程沟通也无法解决问题，公司可以考虑向当地劳动监察部门或劳动仲裁机构寻求帮助。在申请调解或仲裁之前，公司应准备好相关证据，如员工的辞职信、公司的通知记录、沟通记录等，以证明公司已经尽到了通知和协商的义务。

另外，从法律角度来看，如果员工已经按照法律规定提前通知了公司并表达了离职的意愿，那么到期后她是有权离职的，无论公司是否同意。在这种情况下，如果员工拒绝办理离职手续并给公司造成了损失，公司可以依法追究她的责任。但需要注意的是，在处理这类问题时，公司应始终遵循法律法规和劳动合同的规定，确保自身行为的合法性和合规性。

综上所述，当员工辞职后不来办理离职手续时，公司应通过正式通知、远程沟通、申请调解或仲裁等方式来妥善处理。同时，公司也应加强内部管理，完善离职流程和相关制度，以减少类似问题的发生。