针对员工不回来办离职手续的情况，企业可以按照以下步骤进行合法且妥善的处理：
一、初步沟通与调查
联系员工本人：首先，企业应尝试通过电话、短信、邮件等多种方式联系员工，了解其不回来办离职手续的具体原因。如果员工表示有离职意愿，应明确告知其需要按照公司规定办理离职手续，并设定一个合理的期限要求员工返回公司办理。
发送书面通知：若员工表示愿意离职但无法立即返回，企业可以向员工发送《限期到岗通知书》或类似书面通知，明确要求员工在限定日期内返回公司办理离职手续，并告知逾期未办的法律后果。
二、无法联系或拒绝返回的处理
寄送催告复工通知书：如果无法通过常规方式联系到员工，或者员工明确拒绝返回，企业应立即通过EMS特快专递方式向员工寄送“催告复工通知书”。在寄送时，应确保邮件内容清晰、准确，并保留好邮寄凭证和回单，以证明已经送达员工。
公告送达：对于拒绝签收或者无人签收而被退回的特快专递，或者员工法定通讯地址不明、无法联系、下落不明的情况，企业应以公告送达的方式发布《限期到岗通知书》、《解除劳动合同通知书》等。公告送达应通过全省范围内有影响力的新闻报纸进行，并保留好公告的证据。
三、依据规章制度处理
解除劳动关系：经过上述程序后，如果员工仍未按规定时间到岗履行劳动合同或办理离职手续，企业应依据公司规章制度中关于旷工或离职的规定，做出解除劳动关系的决定。在决定中，应明确解除劳动关系的原因、依据和生效日期。
办理后续手续：解除劳动关系后，企业应按照离职手续办理流程，为员工办理工作交接、档案封存或转移、社保公积金封存或转移、工资结算等后续手续。在办理工资结算时，最好与员工签订工资结算协议，明确工资结算明细和双方无薪酬异议的声明。
四、注意事项
合法合规：在整个处理过程中，企业应确保所有操作都符合法律法规和公司规章制度的规定，避免出现违法解除劳动关系或侵犯员工权益的情况。
保留证据：企业应妥善保留所有与员工沟通、通知、公告等相关的证据，以备在可能出现的劳动争议中作为证明。
人性化处理：在处理过程中，企业也应尽量体现人性化的一面，理解员工的难处，并尽可能提供帮助和支持。如果员工确实存在特殊情况无法立即返回办理离职手续，企业可以考虑与员工协商延期办理或采取其他灵活方式处理。
综上所述，企业应通过初步沟通与调查、无法联系或拒绝返回的处理、依据规章制度处理以及注意事项等步骤来合法且妥善地处理员工不回来办离职手续的情况。