面对员工不来公司办理离职手续的情况，用人单位需要依法依规、合理有序地处理，以确保双方的权益都能得到妥善保障。以下是一些具体的建议和步骤，希望能为您提供帮助：
一、明确法律义务与风险
首先，要明确根据《中华人民共和国劳动合同法》的规定，员工在离职时有义务办理离职手续，包括工作交接、档案和社会保险关系转移等。同时，用人单位也有责任确保这些手续得到妥善办理。如果员工不办理离职手续，可能会给公司带来工作交接不畅、商业秘密泄露、经济损失以及法律风险（如未结清工资争议）等问题。
二、采取沟通与催促措施
书面通知与多渠道提醒：
- 通过公司内部办公系统、电子邮件以及挂号信或EMS等方式，向员工发送正式的离职手续办理通知。通知中应详细说明离职手续的流程、所需材料、截止日期及办理地点，并明确告知不按时办理的不利后果。
- 保留好通知的送达证据，如签收记录、邮件截图等，以备后续法律行动之需。
电话沟通与了解原因：
- 安排相关负责人与员工进行电话沟通，了解其不来办理离职手续的具体原因。可能是员工遇到了某些困难或问题，通过沟通可以找到解决方案，促使员工配合办理离职手续。
联系紧急联系人或家属：
- 如果无法直接联系到员工，可以尝试通过其入职时提供的紧急联系人或家属来获取沟通渠道。在联系时，要注意保护员工的隐私，仅说明需要办理离职手续的事宜。
三、处理后果与法律风险防范
按自动离职处理：
- 如果员工一直不来办理离职手续，且经过多次催促仍无回应，用人单位可以依据公司规章制度和劳动法规定，将其视为自动离职。但在此过程中，要确保按法定程序操作，并保留好相关证据。
工资结算与社保减员：
- 用人单位应按时结算员工的工资，扣除必要费用后通过银行转账等可追溯方式支付，并详细注明各项收入和扣除项目。
- 同时，要及时办理社保和公积金的减员手续，避免承担额外费用。
要求赔偿责任：
- 如果员工未办理离职手续给公司造成了损失，如泄露机密、损坏财物等，公司有权要求其承担赔偿责任。在此过程中，要保留好相关证据，如损失评估报告、监控录像等。
寻求法律援助：
- 如果情况复杂或存在法律疑虑，用人单位应及时咨询专业劳动法律师，获取准确的法律建议。在律师的指导下，可以向劳动监察部门投诉或提起劳动仲裁/诉讼。
四、完善管理制度与避免违法
完善离职管理制度：
- 明确离职流程、交接事项及双方权利义务，并在劳动合同中予以体现。这样可以在员工离职时提供明确的指导，减少纠纷的发生。
避免违法克扣工资：
- 即使员工未办理离职手续，用人单位也不能违法克扣或拖欠其工资。否则，可能会面临法律诉讼和赔偿的风险。
总结与建议
面对员工不来公司办理离职手续的情况，用人单位应保持冷静和理性，依法依规采取合理有效的措施。通过书面通知、电话沟通、联系紧急联系人等方式催促员工办理离职手续，并确保整个过程的合法性和合规性。同时，完善离职管理制度、加强法律风险防范也是维护用人单位合法权益的重要途径。如果情况复杂或存在法律疑虑，建议及时咨询专业劳动法律师以获取准确的法律建议。