结论：公司开除了已经提交离职申请的员工，并不意味着劳动关系就一定彻底解除了，这取决于离职申请的生效时间、公司开除的合法性以及双方是否完成了离职交接等多个因素。
分析说明：
离职申请的生效时间：
- 员工提交离职申请后，通常需要按照公司规定的流程或劳动合同中的约定，经过一定的审批期或通知期后，离职申请才会生效。
- 如果在公司开除员工之前，离职申请尚未生效，那么公司开除的行为可能构成违法解除劳动合同，员工有权要求公司继续履行劳动合同或支付赔偿金。
公司开除的合法性：
- 公司开除员工必须基于合法的理由，如员工严重违反公司规章制度、严重失职等。
- 如果公司开除员工的理由不合法或证据不足，员工同样有权要求公司支付赔偿金或继续履行劳动合同。
离职交接的完成情况：
- 即使离职申请已经生效，员工也需要与公司完成离职交接手续，如归还公司财物、结清工资等。
- 如果员工未完成离职交接手续，公司可能会拒绝出具离职证明或办理相关手续，但这并不影响劳动关系的解除本身，只是可能影响员工后续的就业和社保等权益。
特殊场景：
- 如果员工在提交离职申请后，又与公司协商一致提前离职，并签订了相关的协议或确认书，那么劳动关系将在双方约定的时间解除。
- 如果公司开除员工的行为发生在员工离职申请生效之后，且开除行为合法，同时双方已经完成了离职交接手续，那么劳动关系将彻底解除。
行动建议：
- 对于员工而言，如果公司开除了已经提交离职申请的自己，应首先确认离职申请的生效时间、公司开除的合法性以及离职交接的完成情况。
- 如果认为公司开除行为不合法或存在争议，可以与公司协商解决，或向劳动仲裁机构申请仲裁，维护自己的合法权益。
- 对于公司而言，在开除员工前应确保开除行为的合法性，并妥善处理离职交接手续，以避免不必要的法律纠纷。
法律背景：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，用人单位与劳动者协商一致，可以解除劳动合同。劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。劳动者在试用期内提前三日通知用人单位，可以解除劳动合同。
- 用人单位违反本法规定解除或者终止劳动合同的，应当依照本法规定的经济补偿标准的二倍向劳动者支付赔偿金。