结论：公司发工资流水上注明工资含加班费，但工资条上并不包含加班费这一项，不能直接说明公司承认了加班费的存在或支付了加班费，需要结合其他证据和具体情况来综合判断。以下从不同角度进行分析：

一、工资流水与工资条的法律意义

1. 工资流水：通常是银行或支付机构提供的交易记录，显示了公司向员工支付工资的具体金额和时间。它具有一定的证明力，可以证明公司确实向员工支付了款项。
2. 工资条：是公司向员工提供的工资明细，详细列出了工资的各个组成部分，如基本工资、奖金、津贴、加班费等。工资条是员工了解自己工资构成的重要依据，也是劳动争议中证明工资支付情况的关键证据。

二、工资流水与工资条不一致的可能情况

1. 公司操作失误：公司可能在制作工资流水时误将加班费包含在内，但在制作工资条时遗漏了加班费这一项。这种情况下，公司可能并未故意隐瞒或拒绝支付加班费。
2. 公司故意隐瞒：公司可能为了降低用工成本或避免支付加班费，而在工资条上故意不列出加班费这一项。这种情况下，公司的行为可能构成违法。

三、如何证明加班费的存在及支付情况

1. 收集加班证据：员工应尽可能收集与加班相关的证据，如加班通知、加班记录、工作邮件、聊天记录等。这些证据可以证明员工确实存在加班行为。
2. 对比工资流水与工资条：虽然工资流水和工资条不一致不能直接证明加班费的存在或支付情况，但可以作为辅助证据。员工可以对比两者之间的差异，并结合其他证据来推断加班费的情况。
3. 与公司协商或投诉：如果员工认为公司未支付加班费，可以首先与公司进行协商，要求公司支付应得的加班费。如果协商无果，员工可以向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。

四、法律建议

1. 保留证据：员工应妥善保管与加班和工资支付相关的所有证据，以备不时之需。
2. 及时维权：如果员工发现公司存在未支付加班费等违法行为，应及时采取措施维护自己的合法权益。不要因为担心影响工作或害怕报复而选择沉默。
3. 咨询专业律师：在处理劳动争议时，员工可以咨询专业律师的意见。律师可以根据具体情况为员工提供法律建议和帮助，确保员工的权益得到充分保障。

最后，工资流水与工资条的不一致并不能直接说明公司承认了加班费的存在或支付了加班费。员工需要结合其他证据和具体情况来综合判断，并采取相应的措施来维护自己的合法权益。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的帮助，请直接向我咨询。