结论：公司怀疑采购拿回扣而降薪，员工申请劳动仲裁要求赔偿是否有效，需根据具体情况判断。若公司降薪行为缺乏合法依据，员工申请仲裁要求赔偿通常是有用的；反之，若公司能证明降薪合法，则员工仲裁要求赔偿可能难以得到支持。以下从不同角度详细分析：

一、公司降薪的合法性分析

1. 合法降薪的情形：

   • 双方协商一致：根据《劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容，包括工资。若公司能与员工就降薪达成一致，并签订书面协议，则降薪行为合法。
   • 法定情形：如员工因不胜任工作、医疗期满后不能从事原工作等，公司可依据相关法律法规调整员工岗位及工资。但需注意，调整岗位和工资需合理，且应遵循法定程序。

2. 非法降薪的情形：

   • 无合法依据：若公司仅凭怀疑采购拿回扣，而无确凿证据证明员工存在违法行为，且未与员工协商一致，擅自降薪则属于违法行为。
   • 违反法定程序：即使公司有合法降薪的理由，如未按照法定程序进行，如未提前通知员工、未听取员工意见等，也可能构成非法降薪。

二、员工申请劳动仲裁要求赔偿的可行性

1. 非法降薪下的赔偿请求：

   • 若公司降薪行为非法，员工有权向劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司恢复原工资待遇，并可能要求支付因降薪造成的经济损失赔偿。
   • 员工需提供证据证明公司降薪行为非法，如劳动合同、工资条、降薪通知等。

2. 合法降薪下的赔偿请求：

   • 若公司降薪行为合法，员工申请仲裁要求赔偿则可能难以得到支持。
   • 但员工仍可就降薪的合理性、程序合法性等方面提出异议，并要求公司提供相应证据。

三、实际操作建议

1. 收集证据：

   • 员工应收集与降薪相关的所有证据，包括劳动合同、工资条、降薪通知、公司规章制度等。
   • 若公司怀疑员工拿回扣，员工也可收集证明自己清白的证据，如采购合同、发票、付款记录等。

2. 与公司协商：

   • 在申请仲裁前，员工可尝试与公司协商解决争议，如要求公司恢复原工资待遇、提供降薪的合法依据等。

3. 申请劳动仲裁：

   • 若协商无果，员工可向当地劳动仲裁机构申请仲裁，要求公司支付因非法降薪造成的经济损失赔偿。
   • 仲裁过程中，员工需积极配合仲裁机构的工作，提供证据、参加庭审等。

4. 寻求法律援助：

   • 若员工对劳动仲裁程序不熟悉或认为自身权益受到严重侵害，可寻求专业律师的法律援助，以提高仲裁成功率。

总结：公司怀疑采购拿回扣而降薪，员工申请劳动仲裁要求赔偿是否有效，取决于公司降薪行为的合法性。若降薪行为非法，员工申请仲裁要求赔偿通常是有用的；反之，则可能难以得到支持。因此，员工在申请仲裁前应充分收集证据、了解相关法律法规，并在必要时寻求专业律师的法律援助。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。