拿回扣后，公司撤诉是否有效，需视具体情况而定，不能一概而论。以下从不同角度为您详细分析：

一、撤诉的法律效果

1. 撤诉的一般规定：

   • 在民事诉讼中，原告有权在宣判前申请撤诉。若法院裁定准许撤诉，则诉讼程序终结，视为原告未起诉。
   • 撤诉后，原告可以再次起诉，但需注意诉讼时效等问题。

2. 撤诉对刑事案件的影响：

   • 若拿回扣行为涉嫌犯罪（如非国家工作人员受贿罪），且公司已向公安机关报案，则案件进入刑事诉讼程序。
   • 在刑事诉讼中，报案人（公司）一般无权直接撤诉，因为刑事案件涉及公共利益，由国家公诉机关（检察院）负责追诉。
   • 即便公司表示不再追究，若检察院认为犯罪事实清楚、证据充分，仍可能继续追诉。

二、拿回扣行为的法律性质

1. 民事法律责任：

   • 拿回扣可能违反公司规章制度或劳动合同约定，公司有权依据内部规定对员工进行处罚，如警告、罚款、解雇等。
   • 若拿回扣行为给公司造成损失，公司还有权要求员工赔偿。

2. 刑事法律责任：

   • 如前所述，若拿回扣行为涉嫌犯罪，员工可能面临刑事处罚，包括有期徒刑、罚金等。
   • 刑事责任的追究不依赖于公司的意愿，而是由国家司法机关依法进行。

三、公司撤诉的实际意义

1. 民事诉讼中的撤诉：

   • 若公司以民事纠纷为由起诉员工（如要求返还回扣、赔偿损失等），撤诉后员工可能暂时摆脱诉讼困扰。
   • 但撤诉不意味着员工行为的合法性得到认可，公司仍可能通过其他方式（如内部处罚、再次起诉）追究员工责任。

2. 刑事诉讼中的“撤诉”：

   • 如前所述，刑事诉讼中公司无权直接撤诉。即便公司表示谅解，检察院仍可能根据案情决定是否追诉。
   • 员工应认识到，刑事责任的追究是严肃的，不能因公司的“撤诉”意愿而免除。

四、建议与风险提示

1. 对于员工：

   • 拿回扣行为存在重大法律风险，可能同时面临民事和刑事责任。
   • 若已涉嫌犯罪，应尽快咨询专业律师，了解自身权利义务，积极配合调查，争取从轻处理。
   • 不要寄希望于公司的“撤诉”来逃避法律责任。

2. 对于公司：

   • 若发现员工拿回扣，应根据公司规章制度和法律法规进行处理。
   • 在民事诉讼中，撤诉需谨慎考虑，确保符合公司利益。
   • 在刑事诉讼中，应配合司法机关调查，不要试图通过“撤诉”等方式干扰司法程序。

总结来看，拿回扣后公司撤诉是否有效，取决于案件性质（民事或刑事）、撤诉的法律效果以及拿回扣行为的法律性质。在民事诉讼中，撤诉可能终结诉讼程序；但在刑事诉讼中，撤诉无实际意义。因此，建议员工和公司均应依法行事，不要寄希望于通过撤诉等方式逃避法律责任。如有任何法律问题，欢迎直接向我咨询。