民营企业员工拿回扣，公司立案之后在一定条件下是可以撤销的。以下从不同角度为您详细分析：
一、立案后的撤销可能性
刑事立案的撤销：
- 在刑事案件中，一旦公安机关决定立案，通常意味着有证据表明存在犯罪行为。然而，立案并非不可撤销。
- 如果在侦查过程中，发现证据不足、犯罪事实不成立，或者犯罪情节显著轻微、危害不大，不认为是犯罪的，公安机关可以撤销案件。
- 此外，如果犯罪嫌疑人死亡，或者案件已经过了追诉时效期限，公安机关也可以依法撤销案件。
民事立案的撤销（如涉及民事赔偿等）：
- 在民事案件中，如果原告（即公司）在立案后愿意撤回起诉，且符合法律规定的撤回起诉条件，法院通常会准许。
- 撤回起诉可能基于多种原因，如双方达成和解、原告认为继续诉讼无必要等。
二、撤销立案的具体条件与流程
刑事案件撤销条件：
- 证据不足，无法证明犯罪行为的存在。
- 犯罪情节轻微，依法不需要追究刑事责任。
- 犯罪嫌疑人死亡。
- 案件已过追诉时效期限。
- 流程：通常由公安机关提出撤销案件的意见，报经上级公安机关审查批准后，制作撤销案件决定书，通知原犯罪嫌疑人。
民事案件撤回起诉条件：
- 原告自愿撤回起诉。
- 撤回起诉不违反法律规定，不损害国家、集体和第三人的利益。
- 流程：原告向法院提交撤回起诉的申请书，法院审查后认为符合撤回起诉条件的，裁定准许撤回起诉。
三、法律建议与后果
法律建议：
- 如果公司发现员工拿回扣并决定立案，应确保有充分的证据支持。
- 在立案后，如果公司认为继续追究责任无必要或双方已达成和解，可以考虑申请撤销案件或撤回起诉。
- 撤销案件或撤回起诉前，应咨询专业律师，确保符合法律规定并避免潜在的法律风险。
可能的法律后果：
- 如果案件被撤销或撤回起诉，员工可能不会受到刑事处罚或民事赔偿的追究。
- 然而，如果员工的行为确实构成犯罪或违约，公司仍可以通过其他途径（如内部纪律处分、民事诉讼等）追究其责任。
四、实际操作中的注意事项
- 证据收集与保存：在立案前和立案过程中，公司应确保有充分的证据支持其主张，并妥善保存相关证据。
- 法律程序遵循：无论是申请撤销案件还是撤回起诉，都应遵循法律规定的程序和要求。
- 专业律师咨询：在处理此类复杂法律问题时，建议公司咨询专业律师以获取准确的法律意见和指导。
如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。我会根据您的具体情况提供详细的法律建议和指导。