结论：民营企业员工收受回扣，即使退赃，也不能完全排除走司法程序的可能性，是否走司法程序取决于多种因素。以下从不同角度进行分析：
一、法律层面
收受回扣的法律性质：
- 根据《中华人民共和国刑法》第一百六十三条，公司、企业或者其他单位的工作人员，利用职务上的便利，索取他人财物或者非法收受他人财物，为他人谋取利益，数额较大的，构成非国家工作人员受贿罪。
- 收受回扣属于非法收受他人财物的行为，如果数额较大，就可能构成犯罪。
退赃的法律意义：
- 退赃是犯罪嫌疑人或被告人的一种悔罪表现，可以在一定程度上减轻其刑事责任。
- 但退赃并不意味着可以免除刑事责任，特别是当收受回扣的行为已经构成犯罪时，退赃只是量刑时的一个考虑因素。
司法程序的启动：
- 司法程序的启动并不完全取决于犯罪嫌疑人或被告人的意愿，而是由司法机关根据案件事实和法律规定来决定。
- 如果收受回扣的行为已经构成犯罪，且证据确凿，司法机关有权依法启动司法程序，对犯罪嫌疑人或被告人进行追诉。
二、企业层面
企业内部处理：
- 民营企业对于员工收受回扣的行为，通常会根据企业内部的规章制度进行处理，如警告、罚款、解雇等。
- 企业内部处理并不排除司法程序的启动，如果企业认为员工的行为已经构成犯罪，可以向司法机关报案。
企业与员工的协商：
- 在某些情况下，企业可能与员工进行协商，要求员工退赃并接受一定的处罚，以避免司法程序的启动。
- 但这种协商并不具有法律效力，如果员工不同意协商或协商后不履行承诺，企业仍然可以向司法机关报案。
三、实际操作建议
对于员工：
- 如果收受了回扣，应尽快向企业坦白并退赃，以减轻可能的法律责任。
- 不要试图通过退赃来完全避免司法程序的启动，因为这取决于多种因素，包括收受回扣的数额、情节以及司法机关的判断。
对于企业：
- 应建立健全的内部控制制度，防止员工收受回扣等违法行为的发生。
- 一旦发现员工有收受回扣的行为，应根据企业规章制度进行处理，并考虑是否向司法机关报案。
总结：民营企业员工收受回扣，即使退赃，也不能完全排除走司法程序的可能性。是否走司法程序取决于收受回扣的数额、情节以及司法机关的判断。因此，建议员工和企业都应遵守法律法规，避免违法行为的发生。如果您有进一步的法律问题或需要更详细的法律建议，可以直接向我咨询。