结论：预付款付了三年多没提货，一般情况下不能直接“不认”，但具体能否主张权利或免除部分义务，需结合合同条款、双方行为及法律规定综合判断。以下从不同角度详细分析：

一、合同条款的约定是关键

1. 提货期限与违约责任
   若合同中明确约定了提货期限（如“买方应在收到预付款后X日内提货”），且买方逾期未提货，则构成违约。此时，卖方有权根据合同约定主张违约责任（如要求支付违约金、赔偿损失等），甚至解除合同并没收预付款（若合同明确约定此条款）。
   示例：若合同约定“买方逾期提货超30日，卖方有权解除合同并没收预付款”，则卖方可依约行使权利。

2. 预付款的性质与处理
   预付款通常为合同履行的一部分款项，而非定金或违约金。若合同未明确约定预付款的返还条件或违约处理方式，卖方无权单方“不认”预付款，但可要求买方继续履行合同或赔偿损失。
   例外：若预付款被约定为“定金”（如合同写明“此款为定金，买方违约不退还”），则卖方有权依《民法典》第587条没收定金。

二、双方行为对合同履行的影响

1. 卖方是否催告或采取措施
   若买方长期未提货，卖方应及时催告并要求其履行义务。若卖方未催告且未采取合理措施（如转售货物、停止生产等），可能被认定为怠于行使权利，影响后续主张违约责任的效力。
   建议：卖方应保留催告记录（如书面通知、邮件、短信等），以证明已履行提醒义务。

2. 买方未提货的原因
   若买方因不可抗力（如自然灾害、政策变化等）或卖方原因（如货物质量问题、未按时交货等）导致无法提货，可能构成免责事由。此时，卖方需根据具体情况返还预付款或协商解决。
   示例：若货物因质量问题不符合合同约定，买方有权拒绝提货并要求返还预付款。

三、法律规定的适用

1. 合同解除权
   根据《民法典》第563条，若买方迟延履行主要债务（如提货义务），经催告后在合理期限内仍未履行，卖方有权解除合同。合同解除后，卖方应返还预付款（若预付款非定金），但可要求买方赔偿损失（如货物贬值、仓储费用等）。
   计算公式：

   赔偿金额 = 货物实际损失 + 合理费用（如仓储费、转售差价等）
   

2. 诉讼时效问题
   若卖方主张权利（如要求提货、赔偿损失），需在知道或应当知道权利受损之日起3年内提起诉讼（《民法典》第188条）。若预付款支付已超3年且卖方未主张权利，可能面临诉讼时效抗辩风险。
   注意：诉讼时效因催告、协商等行为可能中断或重新计算。

四、实务建议

1. 卖方操作建议

   • 立即审查合同条款，明确提货期限、违约责任及预付款性质；
     
   • 向买方发送书面催告函，要求其限期提货或说明原因；
     
   • 保留货物现状证据（如照片、视频），避免因货物毁损灭失引发纠纷；
     
   • 若买方仍不履行，可考虑解除合同并主张赔偿。

2. 买方应对建议

   • 若因客观原因无法提货，应及时与卖方协商变更合同或解除合同；
     
   • 若卖方主张违约责任，需核实合同条款及自身行为是否构成违约；
     
   • 必要时委托律师介入，避免因程序瑕疵导致权益受损。

总结：预付款支付后长期未提货，不能直接“不认”，但可通过合同条款、双方行为及法律规定主张权利或防御风险。建议双方优先协商解决，若协商无果，可依法通过诉讼或仲裁途径维护权益。如有进一步疑问，可直接向我咨询。