农民工专项账户发放工资超过5000元，并不必然导致法律问题或额外义务，但需结合工资性质、纳税规则及专项账户管理要求综合判断。具体分析如下：

1. 个人所得税层面
   根据《个人所得税法》，工资薪金所得以每月收入额减除费用5000元后的余额为应纳税所得额。若农民工单月工资超过5000元，仅需就超出部分按税率表缴纳个人所得税，由支付方（如施工单位或劳务公司）代扣代缴。例如：某农民工月工资8000元，则应纳税所得额为3000元，适用3%税率，需缴纳个税90元。
   关键点：专项账户发放工资超过5000元本身不违法，但需依法履行个税代扣义务。

2. 专项账户管理层面
   根据《保障农民工工资支付条例》，农民工工资专用账户需专款专用，用于支付农民工工资。账户内资金发放超过5000元，只要符合“工资”性质且未挪作他用，即符合规定。例如：某农民工月工资1万元，通过专项账户全额发放，虽单笔金额超5000元，但属于合法工资支付行为。
   关键点：需确保资金用途为“工资”，且与劳动合同、考勤记录等凭证一致，避免被认定为挪用资金。

3. 实务操作建议

   • 支付方：应按月制作工资表，明确列明应发工资、个税代扣金额、实发金额，并由农民工签字确认；通过专项账户直接支付至农民工本人银行卡，避免现金发放。
     
   • 农民工：保留工资条、银行流水等凭证，如发现个税代扣错误或工资未足额发放，可向当地劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁。
     
   • 特殊情形：若工资包含加班费、奖金等，需单独列明计算依据，确保个税计算准确；若涉及跨月支付（如补发工资），需按实际发放月份合并计算个税。

总结：专项账户发放工资超过5000元无需过度担忧，但需严格遵守个税代扣及专款专用规则。如有具体操作疑问或遇到纠纷，可进一步向我咨询细节。