农民工工资加班超过五千，若涉及的是加班工资总额超过五千，这本身并不违法，但需确保加班工资计算合法；若涉及的是月工资总额（含加班工资）超过五千，这属于正常现象，但同样要关注工资结构的合法性。 以下是具体分析：

1. 加班工资计算合法性：

   • 根据《劳动法》及相关规定，农民工在法定节假日、休息日以及工作日延长工作时间时，用人单位应支付相应的加班工资。加班工资的计算基数通常是农民工的基本工资，而加班工资的支付标准则根据加班的时间（法定节假日、休息日或工作日延长）有所不同。
   • 若加班工资总额超过五千，但计算方式合法：即用人单位按照法定标准支付了加班工资，那么这种情况并不违法。农民工有权获得应得的加班工资，这是其合法权益。
   • 若加班工资计算不合法：如用人单位未按照法定标准支付加班工资，或者将加班工资计入最低工资标准内等，那么农民工有权向用人单位提出异议，并要求补发加班工资。若用人单位拒绝，农民工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径维护自己的权益。

2. 月工资总额（含加班工资）超过五千的合法性：

   • 农民工的月工资总额（包括基本工资和加班工资）超过五千，这本身并不构成违法。工资水平受多种因素影响，包括工作性质、技能水平、工作经验以及市场供需关系等。
   • 关注工资结构的合法性：虽然月工资总额超过五千不违法，但农民工仍需关注工资结构的合法性。例如，用人单位是否将应计入工资总额的项目（如奖金、津贴等）未计入，或者是否通过不合理的扣款方式降低了农民工的实际收入等。若存在这些问题，农民工同样有权向用人单位提出异议，并要求纠正。

建议：

• 农民工应保留好与用人单位签订的劳动合同、工资条、加班记录等证据，以便在发生纠纷时维护自己的权益。
• 若对工资计算或支付有疑问，应及时与用人单位沟通，要求解释和说明。
• 若用人单位拒绝解释或纠正错误，农民工可以向当地劳动监察部门投诉，或者通过法律途径（如申请劳动仲裁、提起诉讼等）维护自己的权益。

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