结论：农民工专户发放的工资金额可以超过合同工资，但需满足一定条件并遵循相关法律规定。以下从不同角度进行详细分析：
一、法律背景与原则
《保障农民工工资支付条例》：该条例明确规定了农民工工资支付的相关要求，旨在保障农民工按时足额获得工资。条例中并未直接限制专户发放工资的金额不得超过合同工资，而是强调了工资支付的准确性和及时性。
合同自由原则：在劳动合同中，双方可以约定工资标准。然而，这并不意味着工资支付必须严格局限于合同约定的金额。在实际操作中，如果农民工提供了额外的劳动或符合加薪条件，用人单位应当根据实际情况调整工资支付金额。
二、可能超过合同工资的情况
加班工资：如果农民工在合同约定的工作时间之外提供了额外劳动，根据《劳动法》的规定，用人单位应当支付加班工资。加班工资的计算通常基于合同工资的一定比例，因此，在加班情况下，专户发放的工资金额可能会超过合同工资。
奖金与津贴：除了基本工资外，用人单位还可能根据农民工的工作表现、业绩或特定条件发放奖金、津贴等。这些额外收入也会导致专户发放的工资金额超过合同工资。
工资调整：在劳动合同履行过程中，如果双方协商一致或根据用人单位的规章制度、集体合同等，可以对农民工的工资进行调整。调整后的工资如果高于原合同工资，专户发放的金额也会相应增加。
三、注意事项与法律建议
确保合法合规：虽然专户发放的工资金额可以超过合同工资，但用人单位必须确保这种支付是合法合规的。例如，加班工资的计算必须符合《劳动法》的规定；奖金与津贴的发放必须有明确的依据和标准。
完善合同与制度：为了避免纠纷和误解，用人单位应当在劳动合同中明确工资构成、支付方式以及调整机制等。同时，建立健全的工资支付制度，确保农民工的工资支付有章可循、有据可查。
保留相关证据：用人单位在支付工资时，应当保留好相关的支付凭证和记录。这些证据在发生纠纷时将起到至关重要的作用，有助于证明用人单位已经按时足额支付了农民工的工资。
及时沟通与协商：如果用人单位需要调整农民工的工资支付金额，应当及时与农民工进行沟通并协商一致。通过充分的沟通和协商，可以增进双方的理解和信任，减少纠纷的发生。
举例说明：假设某农民工与用人单位签订的劳动合同中约定的月工资为5000元。然而，在实际工作中，该农民工经常加班且表现优异。根据用人单位的规章制度和《劳动法》的规定，该农民工每月除了基本工资外，还可以获得2000元的加班工资和1000元的奖金。因此，专户每月实际发放的工资金额为8000元，超过了合同工资。这种情况是合法合规的，因为用人单位已经按照相关规定支付了加班工资和奖金。
总结与建议：农民工专户发放的工资金额可以超过合同工资，但必须确保这种支付是合法合规的，并遵循相关法律规定和原则。用人单位应当完善合同与制度、保留相关证据、及时沟通与协商，以保障农民工的合法权益并减少纠纷的发生。如果您在农民工工资支付方面遇到任何问题或需要进一步的法律建议，请随时向我咨询。