关于“农民工工资不能由施工单位直接打入专户吗”这一问题，实际上，在工程建设领域，为了保障农民工的劳动报酬权益，已经建立了一套相对完善的工资支付制度。
首先，我们需要明确的是，农民工工资专用账户是由施工总承包单位在工程建设项目所在地银行业金融机构开立的，这个账户是专门用于支付农民工工资的。建设单位应当按照合同约定的拨付周期和比例，按时足额向总包单位的这个专用账户拨付专项用于支付农民工工资的工程款（即人工费用）。
接下来，我们谈谈工资支付的具体流程。在工程建设领域，总包单位对农民工工资支付负总责，并且推行分包单位农民工工资委托总包单位代发制度。这意味着，分包单位并不直接向农民工支付工资，而是将工资支付的相关信息（如工资支付表、考勤表等）交给总包单位，由总包单位审核后，再通过专用账户直接支付到农民工本人的银行账户。
这样的制度设计有几个好处：
确保人工费用拨付到位：通过将人工费用从工程款中剥离出来单独规范管理，可以防止人工费用与材料费、管理费等资金混同或被挤占。
防止拖欠问题交织：这种制度能够防止拖欠工程款和拖欠农民工工资问题互相交织，从而更有效地保护农民工的权益。
提高支付效率：通过专用账户直接支付到农民工本人的银行账户，可以减少中间环节，提高支付效率。
至于您提到的“施工单位直接打入专户”的问题，实际上在总包代发制度下，施工单位（这里特指分包单位）并不直接向专户打款，而是将相关信息交给总包单位，由总包单位负责审核和支付。这样做既符合制度规定，又能更有效地保障农民工的工资权益。
最后，需要强调的是，整个工资支付过程都需要严格遵守相关法律法规和制度规定，确保农民工的工资能够按时、足额地支付到位。同时，农民工本人也应当积极配合实名制管理工作，确保自己的工资权益得到保障。