结论：农民工工资的支付流程需严格遵循法律规定，通常应直接支付给农民工本人，而非先打给施工单位再由其转到专户。不过，在特定情况下，如存在合法有效的委托支付协议，且符合相关法规要求时，也可能存在例外。以下是对此问题的详细分析：
一、法律规定与原则
直接支付原则：
- 根据《保障农民工工资支付条例》等相关法律法规，农民工工资应当以货币形式，通过银行转账或者现金支付给农民工本人，不得以实物或者有价证券等其他形式替代。
- 这一规定旨在确保农民工能够及时、足额地收到工资，避免工资被截留、挪用或拖欠。
专户管理要求：
- 施工总承包单位应当按照有关规定开设农民工工资专用账户，专项用于支付该工程建设项目农民工工资。
- 开设、使用农民工工资专用账户有关资料应当由施工总承包单位妥善保存备查。
- 这意味着，即使工资需要通过专户支付，也应是直接支付给农民工，而非先打给施工单位再由其转到专户。
二、例外情况与条件
委托支付协议：
- 在某些特殊情况下，如农民工与用人单位或施工单位之间存在合法有效的委托支付协议，且该协议明确约定了工资支付方式、时间等关键条款，且符合相关法规要求时，可能允许通过施工单位间接支付工资。
- 但这种情况下，必须确保农民工的知情权、同意权以及工资支付的及时性和足额性不受影响。
实际操作中的灵活性：
- 在实际操作中，如果施工单位能够确保工资直接、足额地支付给农民工，且符合相关法规要求，那么在某些特定情况下（如农民工因特殊原因无法直接接收工资），可能存在一定的灵活性。
- 但这种灵活性必须严格控制在法律框架内，且不得损害农民工的合法权益。
三、法律建议与风险提示
遵守法律法规：
- 施工单位和用人单位应严格遵守相关法律法规，确保农民工工资的支付符合法定要求。
- 任何违反法律法规的行为都可能面临法律制裁，包括罚款、责令改正、甚至刑事责任等。
完善内部管理制度：
- 施工单位应建立健全内部管理制度，明确工资支付流程、责任人和监督机制，确保工资支付的透明度和可追溯性。
- 同时，应加强对农民工的宣传教育，提高他们的法律意识和维权能力。
及时咨询与处理纠纷：
- 如果遇到工资支付纠纷或疑问，应及时咨询专业律师或相关劳动保障部门，以便及时、有效地解决问题。
- 避免因处理不当而引发更大的法律风险和经济损失。
最后，农民工工资的支付是一个涉及多方利益和法律责任的重要问题。如果你或你身边的人遇到相关问题，可以直接向我咨询，我会根据你的具体情况提供详细的法律建议和帮助。