农民工工资专户不能用于支付工程款，这是不合法的。具体分析如下：

一. 农民工工资专户的定义与用途

1. 定义：农民工工资专用账户是指施工总承包单位在工程建设项目所在地银行业金融机构开立的，专项用于支付农民工工资的专用存款账户。
2. 用途：该账户专项用于支付农民工工资，确保人工费用拨付到位，防止与材料费、管理费等资金混同或被挤占。

二. 相关法规依据

1. 《保障农民工工资支付条例》：明确规定了农民工工资专用账户的制度，要求施工总承包单位按时足额向专用账户拨付专项用于支付农民工工资的工程款。
2. 《工程建设领域农民工工资专用账户管理暂行办法》：进一步规范了农民工工资专用账户的管理，明确了账户开立、撤销、人工费用拨付、农民工工资支付等核心环节的要求，并强调专用账户内的资金只能用于支付农民工工资，不能用于其他用途。

三. 违法后果

1. 行政处罚：如果施工总承包单位未按规定使用农民工工资专用账户，如将账户内的资金用于支付工程款等其他费用，将面临人力资源社会保障行政部门、相关行业工程建设主管部门的责令限期改正、罚款、项目停工等行政处罚。
2. 其他后果：情节严重的，还可能面临限制承接新工程、降低资质等级、吊销资质证书等更严厉的处罚。

综上所述，农民工工资专户是专为支付农民工工资而设立的，不能用于支付工程款。施工总承包单位应严格遵守相关法律法规，确保专用账户内的资金专款专用，以保障农民工的合法权益。如有进一步需要，您可以继续咨询我。