结论：公司因员工严重违反公司规章制度而予以辞退，并将此记录放入员工档案，这一行为在符合法定条件和程序的情况下是合法的。但具体是否合法，还需结合公司规章制度的合法性、明确性、公示性，以及违纪事实的充分证据和法定程序等多个方面来综合判断。
详细分析：
公司规章制度的合法性：
- 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条和《劳动法》第二十五条，公司可以因劳动者严重违反规章制度而解除劳动合同。但前提是，这些规章制度必须是通过民主程序制定的，且不违反法律法规的强制性规定。
- 例如，如果公司的规章制度中明确规定了“旷工三天以上视为严重违反公司制度，公司有权解除劳动合同”，并且这一规定是通过职工代表大会或全体职工讨论，与工会或职工代表平等协商确定的，那么这一规定就是合法的。
规章制度的明确性与“严重”界定：
- 规章制度中应明确列举哪些行为构成“严重违反公司制度”，避免模糊不清。例如，具体规定旷工天数、泄露商业机密的程度等。
- “严重违反”的界定需综合考虑员工的主观过错、违纪行为的重复频率、对公司生产经营秩序的影响程度等因素。如果公司的规章制度中对此有明确且合理的界定，那么公司依据这些规定辞退员工就是合法的。
规章制度的公示与告知：
- 公司必须证明已将规章制度有效告知员工，通常通过员工签字确认、组织培训、内部公示等方式。
- 如果公司无法证明已履行告知义务，那么依据该制度辞退员工可能不被法律认可。例如，如果公司只是将规章制度放在内部网站上，但没有组织员工学习或签字确认，那么员工可能主张自己不知道这些规定，从而质疑辞退的合法性。
违纪事实的充分证据：
- 公司必须有充分的证据证明员工确实实施了严重违反规章制度的行为，如打卡记录、视频监控、证人证言等。
- 仅凭口头说法而无实质证据，难以支撑辞退决定的合法性。例如，如果公司只是口头指责员工旷工，但没有提供打卡记录或视频监控等证据，那么员工可能否认旷工事实，从而质疑辞退的合法性。
遵循法定程序：
- 在某些情况下，公司需事先通知工会或提前通知员工，遵循法定程序以避免法律风险。例如，根据《最高人民法院关于审理劳动争议案件适用法律问题的解释（一）》第四十七条，如果公司建立了工会组织，但在解除劳动合同时未按照劳动合同法第四十三条规定事先通知工会，那么劳动者可以以用人单位违法解除劳动合同为由请求用人单位支付赔偿金。
员工应对建议：
- 如果员工认为自己被辞退是不合理的，或者公司将其违纪记录放入档案是不合法的，那么员工可以积极收集证据来证明自己的清白或质疑公司的决定。例如，员工可以收集工作交接文件、沟通邮件、未收到制度手册或未参加培训的证据等。
- 员工还可以尝试与公司进行友好协商，表达自己的看法和情况，看是否能达成和解，如恢复劳动关系或获得合理补偿。
- 如果协商不成，员工可以向劳动监察部门投诉或申请劳动仲裁，要求支付违法解除劳动合同的赔偿金等。对仲裁结果不满意的话，员工还可以向法院提起诉讼。
风险提示：
- 公司如果规章制度制定不合法、无法提供充分证据或未遵循法定程序，辞退员工可能构成违法解除，需承担法律责任。
- 员工在面对辞退时，应保持冷静，了解自己的权益和应对措施，必要时寻求专业法律帮助来维护自己的合法权益。
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