结论：从法律程序上，2025年知晓企业2006年未缴纳社保后，劳动仲裁机构一般不予受理补缴社保的仲裁请求，但可通过社保行政部门或法院主张权利。 具体分析如下：

一、劳动仲裁时效的限制是核心障碍

根据《劳动争议调解仲裁法》第27条，劳动争议申请仲裁的时效期间为1年，从当事人知道或应当知道权利被侵害之日起计算。

• 时效起算点：2006年企业未缴纳社保时，员工即应知晓自身权益受损（即使未主动查询，法律推定“应当知道”），因此时效应从2006年起算。
  
• 时效中断与延长：若员工在2006年后曾向企业主张补缴、向社保部门投诉或提起仲裁/诉讼，时效可中断并重新计算；但若无此类行为，2025年已远超1年时效，劳动仲裁机构通常不予受理。

二、社保补缴的特殊救济途径

劳动仲裁时效限制仅针对“劳动争议仲裁”程序，但社保补缴问题可通过以下途径解决：

1. 向社保行政部门投诉
   根据《社会保险法》第86条，用人单位未按时足额缴纳社保费的，由社保征收机构责令限期缴纳或补足。该途径不受1年仲裁时效限制，员工可随时向当地社保局（或税务部门，部分地区社保费由税务征收）投诉，要求企业补缴2006年至今的社保（需注意：部分地区可能对补缴年限设限，如仅允许补缴近2年或员工在职期间的社保，具体以地方政策为准）。

2. 通过法院诉讼主张权益
   若社保行政部门未依法处理，员工可向法院提起行政诉讼，要求社保部门履行查处职责；或以“企业未依法缴纳社保导致损失”为由提起民事诉讼（如要求企业赔偿养老金损失等），但需证明实际损失与未缴社保的因果关系，且诉讼时效为3年（自知道损失之日起算）。

三、实务建议

1. 优先向社保行政部门投诉：这是最直接、高效的解决方式，需准备劳动合同、工资记录等证明劳动关系及缴费基数的材料。
   
2. 同步收集证据：若计划通过诉讼主张权利，需保留企业未缴社保的证据（如社保缴费记录、企业承诺补缴的书面材料等）。
   
3. 注意地方政策差异：部分地区对历史欠费补缴有特殊规定（如允许一次性补缴但加收滞纳金），建议提前咨询当地社保局或向我进一步核实。
   

总结：2025年通过劳动仲裁追缴2006年社保的难度极大，但可通过社保行政部门投诉或法院诉讼寻求救济。具体操作需结合地方政策及证据情况，如有疑问可向我提供更多细节进一步分析。