结论：工资分两部分发放，一部分正常缴税，另一部分通过劳务公司发放，这种做法是否合法，需根据具体情况来判断，一般情况下可能涉及违法，但在特定条件下可能合法。以下从不同角度进行分析：
一、可能违法的情况
逃避税收监管：
- 如果通过劳务公司发放工资的目的是为了逃避税收监管，比如将原本应计入个人所得的部分工资以劳务费的形式支付，从而减少个人所得税的缴纳，那么这种做法就是违法的。
- 根据《中华人民共和国税收征收管理法》的相关规定，纳税人必须按照法律、行政法规的规定缴纳税款，任何逃避税收监管的行为都将受到法律的制裁。
违反劳动法规定：
- 如果通过劳务公司发放工资导致员工的实际工资低于劳动合同约定的工资，或者未按照法律规定支付加班费、奖金等，那么这种做法就违反了《中华人民共和国劳动法》的相关规定。
- 劳动法规定，用人单位必须按照劳动合同的约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬，不得克扣或者无故拖欠。
虚构劳务关系：
- 如果员工与劳务公司之间并不存在真实的劳务关系，而是用人单位为了规避法律责任或降低用工成本而虚构的，那么这种做法也是违法的。
- 虚构劳务关系可能涉及欺诈、虚假陈述等违法行为，一旦被发现，将受到法律的严厉制裁。
二、可能合法的情况
真实的劳务外包：
- 如果用人单位确实将部分工作外包给了劳务公司，并且员工与劳务公司之间存在真实的劳务关系，那么通过劳务公司发放工资就是合法的。
- 在这种情况下，员工与劳务公司签订劳务合同，劳务公司按照合同约定向员工支付劳务报酬，同时依法缴纳相关税费。
合法的税务筹划：
- 如果通过劳务公司发放工资是出于合法的税务筹划目的，比如利用税收优惠政策或合理调整工资结构以降低税负，并且这种筹划符合法律、行政法规的规定，那么这种做法就是合法的。
- 但需要注意的是，税务筹划必须在法律允许的范围内进行，不得违反税收法律法规的规定。
三、法律建议
审查合同与关系：
- 如果你作为员工面临这种情况，首先应审查自己与用人单位和劳务公司之间的合同关系，确认是否存在真实的劳务关系以及工资支付的约定。
咨询专业律师：
- 如果你对工资发放方式存在疑问或担忧，建议直接向我咨询。我可以根据你的具体情况，为你提供专业的法律意见和解决方案。
保留证据：
- 无论工资发放方式是否合法，你都应保留好相关证据，如劳动合同、工资条、银行转账记录等，以便在需要时维护自己的合法权益。
最后，工资分两部分发放是否合法需根据具体情况来判断。如果你对此有疑问或担忧，建议直接向我咨询，我会根据你的具体情况为你提供专业的法律意见。