公司把工资分两个公司发放是否合法，需根据具体情况综合判断，以下分情况说明：

1. 若符合劳动合同约定、工资总额不低于最低工资标准、按时足额支付，且不存在逃避纳税或克扣拖欠工资等违法行为，则是合法的：

   • 合理的薪酬结构设计：公司可能出于薪酬管理的需要，将工资分为两部分发放，如岗位工资与绩效工资、基本工资与奖金、特殊福利或补贴等。这种结构能激励员工，提高工作效率，只要在公司薪酬制度中明确规定并依法缴税，即属合法。例如，销售岗位的基本工资+提成模式，就是常见的合法薪酬分配方式。
   • 遵守劳动合同与最低工资标准：公司应全面履行劳动合同约定的支付工资义务，确保劳动者在提供正常劳动的前提下，获得的工资总额不低于当地最低工资标准。工资支付需按时足额，不得克扣或无故拖欠。
   • 合理避税：若公司分两部分发工资旨在合理避税，且操作符合税法规定，如通过费用报销形式（内容真实、合理，且在税法允许范围内扣除），则此做法合法。但需注意，故意拆分工资逃避个人所得税的，除补缴税款外还需承担滞纳金及罚款。

2. 若存在逃避纳税义务、低于最低工资标准、掩盖加班工资等问题，则是违法的：

   • 逃避纳税义务：若公司分两部分发工资主要为了逃避个税或其他税费，如以现金、实物等形式发放部分工资，不纳入工资核算和纳税申报，即构成违法。
   • 低于最低工资标准：如公司虽名义上工资总额达到或超过最低工资标准，但实际基本工资部分低于法定标准，其余部分随意发放甚至不发，即违法。
   • 掩盖加班工资等问题：公司若压低正常工资，以另一部分工资名义掩盖加班工资，或混淆工资构成，使员工难以计算加班工资，违反劳动法规定。

综合判断与建议：

• 判断依据：判断公司工资分发方式是否违法，需综合考虑劳动合同约定、工资支付总额与时间、税收合规性等多个因素。
• 建议行动：若对公司工资支付方式有疑问或担忧，建议首先查看劳动合同中关于工资支付的约定，并了解公司的薪酬制度。若发现公司存在违法行为，如逃避纳税、低于最低工资标准等，可向当地劳动保障部门投诉或寻求法律帮助。

法律依据：

• 根据《中华人民共和国劳动法》第五十条，工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。
• 根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十条，用人单位应当按照劳动合同约定和国家规定，向劳动者及时足额支付劳动报酬。
• 根据《劳动保障监察条例》第二十六条，用人单位克扣或者无故拖欠劳动者工资报酬、支付劳动者的工资低于当地最低工资标准的，由劳动保障行政部门责令限期支付，并可能加付赔偿金。

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