针对您提出的“司机开公司车违章后辞职了怎么办”的问题，这是一个涉及责任确认、沟通协商以及法律追偿等多个环节的复杂情况。以下是我为您整理的详细解答步骤，希望能帮助您有效解决问题：
一、确认违章事实与责任归属
核实违章信息：
- 首先，您需要通过交通管理部门的官方渠道（如交警大队、车管所或交管部门的官方APP、网站）查询详细的违章记录，包括违章时间、地点、具体行为等，确保信息的准确无误。
明确责任人：
- 根据行车记录仪记录、现场照片、工作记录或其他相关证据，确认该违章是否由离职司机在任职期间造成。这是明确责任主体的关键一步，也是后续处理的基础。
二、与离职司机沟通处理
尝试联系：
- 通过电话、微信、短信等多种渠道联系离职司机，告知其公司车辆存在由其造成的违章记录，并解释处理的必要性及可能对其个人驾驶证后续使用的影响（如记分达到12分需重新学习考试）。
要求配合：
- 从情理和法律责任角度出发，要求离职司机配合处理违章，包括携带相关证件（驾驶证、身份证、车辆行驶证）前往交警部门或在线上平台完成违章处理及缴费。
三、根据司机配合情况采取相应措施
若司机配合处理：
- 司机可直接前往当地交警大队或车管所，根据工作人员指引完成违章确认及处罚；若当地支持线上违章处理，司机也可通过交管部门的官方APP或网站，绑定公司车辆后处理违章并完成缴费。公司在此过程中应提供必要的协助，如车辆证件复印件、工作记录等。
若司机不配合处理：
- 内部协商：公司内部可召开会议，讨论解决方案。如有相关制度规定且事先告知员工，可考虑从离职员工的工资、奖金、押金等款项中扣除相应的违章罚款费用。
- 法律途径：协商无果时，公司可向劳动争议仲裁机构申请仲裁或向法院提起诉讼，要求离职司机承担因违章造成的公司损失。诉讼过程中需提供充分证据，证明违章是司机在职期间产生。
- 公司自行处理：若法律途径解决时间过长或成本过高，公司可选择自行处理违章。但需注意，违章记分将记在实际处理违章的驾驶人名下，可能影响其驾驶证的正常使用。处理后，公司仍保留向离职司机追偿的权利。
四、加强后续管理与预防措施
完善离职手续：
- 在离职手续中加入违章确认与处理条款，要求离职员工签署承诺书，明确其在离职前需处理完所有在职期间产生的违章记录。
加强教育培训：
- 定期对在职司机进行交通安全教育和培训，提高安全意识，减少违章行为的发生。
建立管理制度：
- 建立健全车辆管理制度和驾驶员考核机制，明确司机的责任和义务，确保车辆使用规范、安全。
定期查询违章：
- 公司应定期查询公司车辆的违章记录，及时发现并处理违章行为，避免类似情况再次发生。
综上所述，处理公司车辆违章问题时，应首先明确责任主体，并与离职司机积极沟通。在司机配合与不配合的情况下，分别采取相应的处理方式。同时，加强车辆管理，明确司机责任，确保公司权益不受损害。希望这些建议能对您有所帮助。