在员工遭遇违规辞退并申请劳动仲裁时，仲裁委确实有可能主张恢复劳动合同，但具体是否恢复需结合实际情况判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、裁决恢复劳动关系的情形与条件
劳动者意愿：首先，劳动者必须有继续履行劳动合同的明确意愿。如果劳动者希望继续留在原单位工作，这是恢复劳动关系的前提。
客观条件：其次，客观上必须具备继续履行的条件。例如，原工作岗位依然存在，企业未关闭相应业务部门，岗位未被他人替代等。如果这些条件不满足，即使劳动者有意愿，也可能无法恢复劳动关系。
执行细节：若裁决恢复劳动关系，自违法解除之日起至实际恢复期间，用人单位需按劳动者正常出勤的工资标准支付工资及福利待遇。这意味着，用人单位不仅要恢复劳动关系，还要对违法辞退期间的损失进行补偿。
二、裁决支付赔偿金的情形
劳动者不要求恢复：如果劳动者不要求恢复劳动关系，或者明确表示不愿意继续在原单位工作，仲裁委将不会裁决恢复劳动关系。
客观无法履行：若劳动合同因客观原因无法继续履行，如岗位被替代、企业撤销该岗位等，仲裁委也会倾向于裁决用人单位支付赔偿金，而不是恢复劳动关系。
赔偿金计算：赔偿金为经济补偿标准的二倍。经济补偿根据劳动者在本单位工作的年限计算，每满一年支付一个月工资；六个月以上不满一年的，按一年计算；不满六个月的，支付半个月工资的经济补偿。月工资指劳动合同解除或终止前十二个月的平均工资。若劳动者月工资高于当地上年度职工月平均工资三倍的，赔偿金标准按职工月平均工资三倍的数额支付，最高不超过十二年。
三、其他可能裁决
支付拖欠工资及加班费：如果用人单位在违法辞退过程中还存在拖欠工资、加班费等行为，仲裁委将裁决用人单位支付相应的拖欠金额。
出具证明并办理手续：用人单位应在解除或终止劳动合同时出具证明，并在十五日内为劳动者办理档案和社会保险关系转移手续。若用人单位未履行上述义务，仲裁委将裁决其依法履行。
赔偿损失：若违法辞退给员工造成了额外的经济损失，如失业期间的收入损失、精神损害等，仲裁委可能裁决用人单位进行相应的赔偿。
四、法律建议
收集证据：作为劳动者，在遭遇违规辞退时，应积极收集相关证据，如劳动合同、辞退通知、工资条、考勤记录等，以证明用人单位的违法辞退行为及自己的损失情况。
及时申请仲裁：一旦发现用人单位存在违规辞退行为，劳动者应及时向劳动仲裁委申请仲裁，以维护自己的合法权益。
咨询专业律师：虽然我在这里为您提供了一些法律分析和建议，但每个案件的具体情况都有所不同。因此，在申请仲裁前或仲裁过程中，如果您有任何疑问或需要进一步的法律帮助，可以直接向我咨询。
综上所述，违规辞退员工劳动仲裁是否会主张恢复劳动合同，需结合劳动者的意愿、客观条件以及法律法规的具体规定来判断。希望以上分析能对您有所帮助。