员工因违法劳动合同旷工而申请劳动仲裁，仲裁机构是会受理的，但受理后的处理结果取决于具体的事实和证据情况。以下从多个角度为你详细分析：
仲裁受理原则
劳动仲裁委员会在受理案件时，主要进行形式审查。只要员工提交的仲裁申请书符合要求，包含明确的双方当事人信息、仲裁请求、事实和理由等基本内容，并且在劳动仲裁的受案范围和时效之内，仲裁委一般都会受理案件。这意味着，即使员工旷工的行为可能违反了劳动合同，但只要其申请仲裁的形式符合要求，仲裁委就会先行受理。
旷工事实的审查与处理
证据审查：
- 在后续的仲裁审理过程中，仲裁委会对旷工的事实进行严格审查。如果员工无法提供充分的证据证明其旷工行为有合法理由或用人单位存在过错，而用人单位能够提供考勤记录、规章制度等证据证明员工旷工的事实，那么仲裁委将不会支持员工因旷工而提出的仲裁请求，如要求支付旷工期间的工资、赔偿金等。
- 例如，员工主张因用人单位未提供劳动条件而旷工，但用人单位能够提供证据证明已提供了必要的劳动条件，且员工旷工无合法理由，那么仲裁委将驳回员工的仲裁请求。
规章制度合法性：
- 如果用人单位以员工旷工为由进行处罚或解除劳动合同，还需要审查用人单位的规章制度是否合法有效。规章制度必须经过民主程序制定、公示或告知劳动者，且内容不违反法律法规的强制性规定。如果规章制度不合法，那么用人单位依据该规章制度对员工进行的处罚或解除劳动合同的行为可能被认定为违法。
可能的法律后果
对员工而言：
- 如果员工旷工行为属实且无正当理由，那么其仲裁请求很可能不会被支持。此外，如果员工通过伪造证据、歪曲事实等方式提起恶意仲裁，还可能面临法律责任，如被罚款、拘留，甚至构成犯罪的依法追究刑事责任。同时，如果因恶意仲裁给用人单位造成损失的，用人单位还可以通过民事诉讼等途径要求员工赔偿损失。
对用人单位而言：
- 如果用人单位能够证明员工旷工的事实且规章制度合法有效，那么用人单位可以依据规章制度对员工进行处罚或解除劳动合同，且无需支付经济补偿或赔偿金。但用人单位也需要注意，在处罚或解除劳动合同前，应确保已履行了必要的程序，如通知工会、告知员工等。
建议
对员工而言：
- 在申请劳动仲裁前，应尽可能收集齐全相关的证据材料，并确保所述的事实真实可靠。如果旷工行为确实存在且无正当理由，那么应谨慎考虑是否提起仲裁，以免面临不必要的法律风险。
对用人单位而言：
- 应加强劳动管理，规范用工行为，制定合法有效的规章制度，并确保规章制度的制定程序合法、内容合法且已公示或告知劳动者。同时，面对员工的仲裁申请，无论是否认为其存在恶意，都应积极应对，提供充分的证据来反驳不实指控，维护自身的合法权益。
综上所述，员工因违法劳动合同旷工而申请劳动仲裁，仲裁机构会受理，但受理后的处理结果取决于具体的事实和证据情况。因此，无论是员工还是用人单位，都应遵守法律法规和规章制度，诚信参与仲裁程序，以维护公平、公正的劳动环境。如果你有进一步的法律问题或需要更具体的法律建议，可以直接向我咨询。