结论：编外临时人员直接掌管事业单位财务档案是否合法，需结合具体情况判断，但通常存在合规风险，且可能违反事业单位人事管理和财务管理相关规定。以下从不同角度详细分析：
1. 事业单位人事管理角度
- 合规性要求：根据《事业单位人事管理条例》及相关规定，事业单位工作人员的聘用、岗位设置等需遵循严格的程序和标准。财务档案作为事业单位核心资料，通常要求由正式在编人员或具备相应资质的人员管理，以确保资料的安全性和管理的规范性。
- 编外临时人员身份限制：编外临时人员一般未通过正式的事业单位招聘程序，可能不具备管理财务档案的法定资质或权限。若未经特别授权或批准，其直接掌管财务档案可能违反事业单位人事管理规定。
2. 财务管理与内部控制角度
- 财务档案管理规范：财务档案涉及事业单位的资金流动、预算执行等敏感信息，需遵循严格的保密和保管要求。根据《会计档案管理办法》等规定，财务档案的管理应由具备会计专业知识或经过专门培训的人员负责，以确保档案的完整性和安全性。
- 内部控制风险：编外临时人员可能缺乏必要的财务知识和职业道德培训，其直接掌管财务档案可能增加档案丢失、泄露或被篡改的风险，进而损害事业单位的利益。
3. 法律责任与后果
- 违规责任：若编外临时人员未经授权直接掌管财务档案，且因此导致档案丢失、泄露或被篡改，事业单位及相关责任人可能面临行政责任甚至刑事责任。例如，根据《刑法》相关规定，若因档案保管不善导致国家秘密泄露，可能构成犯罪。
- 内部追责：事业单位内部也可能对违规安排编外临时人员管理财务档案的行为进行追责，包括对相关责任人的处分或调整岗位等。
4. 特殊情况与例外
- 临时授权与监督：若编外临时人员因特殊原因需临时接触财务档案（如协助整理、归档等），应确保其工作在正式人员的监督下进行，且不得涉及档案的核心管理权限。
- 合规程序：若事业单位确需安排编外临时人员管理财务档案，应事先通过合规程序（如内部审批、培训等）明确其职责和权限，并签订保密协议等文件，以降低法律风险。
建议与行动
- 审查内部规定：事业单位应首先审查内部关于财务档案管理和人事管理的相关规定，明确编外临时人员是否具备管理财务档案的资质和权限。
- 加强培训与监督：若编外临时人员需接触财务档案，应加强对其的财务知识和职业道德培训，并安排正式人员进行监督。
- 完善合规程序：若需安排编外临时人员管理财务档案，应事先通过合规程序明确其职责和权限，并签订相关保密协议等文件。
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