针对您提出的“公司申请再次鉴定因员工不配合提供材料被拒怎么办”的问题，这确实是一个涉及法律程序和员工权益的复杂情况。以下是我为您提供的详细解答：
一、理解问题背景
首先，我们需要明确的是，再次鉴定通常是在对初次鉴定结果有异议时提出的。在这个过程中，如果员工（被鉴定人）不配合提供必要的材料，确实会给再次鉴定带来困难。
二、分析员工不配合的原因
员工不配合再次鉴定可能有多重原因，包括但不限于：
- 客观因素：员工可能认为初次鉴定程序合法、鉴定人员资质合格，鉴定结论客观有据，因此拒绝重新鉴定。
- 心理因素：员工可能担心重新鉴定会改变原先的鉴定结论，从而影响其权益，或者对鉴定机构和人员的素质、看法存在疑虑。
- 立法因素：虽然法律赋予了当事人申请重新鉴定的权利，但并未明确规定被鉴定人必须配合的义务，这可能导致员工在心理上没有“必须配合”的压力。
三、探讨解决方案
针对员工不配合提供材料的情况，公司可以采取以下措施：
沟通协商：
- 首先，尝试与员工进行友好沟通，解释再次鉴定的必要性和重要性，以及不配合可能带来的法律后果。
- 了解员工的具体顾虑和担忧，并尝试提供合理的解决方案或补偿措施，以消除其顾虑。
法律途径：
- 如果沟通协商无果，公司可以考虑通过法律途径解决。虽然法律没有明确规定被鉴定人必须配合的义务，但法院在审理案件时，会根据案件的具体情况和证据规则进行判断。
- 公司可以收集相关证据，证明员工不配合提供材料对再次鉴定造成了阻碍，并据此向法院提出申请，要求法院对员工进行必要的法律规制，如罚款、拘传等（具体需根据当地法律规定和法院判断）。
利用审判规则：
- 在审判过程中，如果员工拒绝配合重新鉴定，公司可以请求法院将被鉴定人的病历以及先前的鉴定结论一同送往专门的鉴定机构作书面审查，以重新作出新的鉴定结论。
- 同时，公司也可以依据《民事诉讼法》和《证据规定》的相关规定，主张由于员工拒不提供证据，应推定其不利主张成立，从而承担举证不能的法律后果。
寻求专业帮助：
- 在整个过程中，公司可以寻求专业律师或法律机构的帮助，以确保自身权益得到充分保障。
- 专业律师可以提供法律咨询、代理诉讼等服务，帮助公司更好地应对员工不配合的情况。
四、预防措施
为了避免类似情况的发生，公司在未来进行鉴定时可以考虑以下预防措施：
- 在鉴定前与员工充分沟通：明确鉴定的目的、程序和可能的结果，以及员工需要配合的事项和义务。
- 签订书面协议：在鉴定前与员工签订书面协议，明确双方的权利和义务，包括员工需要提供的材料和配合的事项等。
- 选择权威鉴定机构：选择具有权威性和公信力的鉴定机构进行鉴定，以减少员工对鉴定结果的疑虑和担忧。
五、总结与建议
员工不配合提供材料进行再次鉴定确实是一个棘手的问题，但公司可以通过沟通协商、法律途径、利用审判规则和寻求专业帮助等方式来应对。同时，为了避免类似情况的发生，公司也应采取预防措施，确保鉴定的顺利进行和结果的公正性。希望这些建议能对您有所帮助。