结论：在签订建筑工程合同时公司尚未成立但加盖有公司公章的情况下，能否认定仲裁双方存在仲裁协议，需结合具体情况分析，若公章真实且代表未来公司意思表示，一般可认定存在仲裁协议；若公章使用存在瑕疵或非真实意思表示，则可能无法认定。以下从不同角度进行详细分析：
一、公章的真实性与效力
公章真实且有效：
- 如果加盖的公章是真实且有效的，即该公章是未来公司设立过程中或设立后实际使用的公章，且加盖公章的行为代表了未来公司的真实意思表示，那么根据《中华人民共和国仲裁法》第十六条：“仲裁协议包括合同中订立的仲裁条款和以其他书面方式在纠纷发生前或者纠纷发生后达成的请求仲裁的协议。仲裁协议应当具有下列内容：（一）请求仲裁的意思表示；（二）仲裁事项；（三）选定的仲裁委员会。”在此情况下，可以认为双方存在有效的仲裁协议。
公章使用存在瑕疵：
- 如果公章的使用存在瑕疵，如公章系伪造、盗用或非未来公司设立过程中实际使用的公章，或者加盖公章的行为并非未来公司的真实意思表示，那么仲裁协议的效力可能会受到质疑。此时，需要结合其他证据，如双方当事人的陈述、合同签订过程中的其他文件等，来综合判断仲裁协议的效力。
二、公司设立过程中的意思表示
未来公司意思表示的明确性：
- 在公司设立过程中，如果未来公司的发起人或筹备组在合同中加盖公章，并明确表示该合同中的仲裁条款代表未来公司的意思表示，那么即使公司尚未成立，该仲裁条款也可能被认定为有效。这取决于未来公司意思表示的明确性和合同相对方的善意与否。
合同相对方的善意与合理信赖：
- 如果合同相对方在签订合同时，有合理理由相信加盖公章的行为代表了未来公司的真实意思表示，并且基于这种信赖签订了合同，那么根据诚实信用原则和公平原则，该仲裁条款也可能被认定为有效。这有助于保护合同相对方的合法权益，维护交易安全。
三、法律实践与案例参考
- 在法律实践中，对于公司设立过程中签订的合同及仲裁条款的效力问题，法院或仲裁机构通常会综合考虑多种因素，包括公章的真实性、未来公司意思表示的明确性、合同相对方的善意与合理信赖等。因此，在具体案件中，需要结合相关证据和法律规定进行综合判断。
四、建议与风险提示
对于未来公司：
- 在公司设立过程中，应谨慎使用公章，确保公章的真实性和有效性。同时，在合同中明确仲裁条款的内容和效力，以避免后续纠纷。
对于合同相对方：
- 在签订合同时，应仔细审查对方的身份和公章的真实性。如果对方系未来公司或筹备组，应要求其提供相关证明文件，并明确仲裁条款的内容和效力。同时，保留好相关证据，以备后续维权之需。
风险提示：
- 如果仲裁协议存在效力瑕疵或争议，可能会导致仲裁机构不予受理或裁决被撤销等风险。因此，在签订合同时，双方应充分协商并明确仲裁条款的内容和效力，以避免后续纠纷和损失。
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