协议未盖公章但已经履行相关条款，仲裁协议在符合一定条件下仍然有效。以下从不同角度对此问题进行详细分析：
仲裁协议的有效性基础
意思表示真实：
- 仲裁协议的有效性首先取决于双方当事人的真实意思表示。即使协议未盖公章，只要双方通过实际行为（如履行协议条款）表明了接受仲裁作为争议解决方式的意愿，仲裁协议即可视为成立。
合同成立与生效：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，合同成立并不以盖章为唯一要件。当事人采用合同书形式订立合同的，自当事人均签名、盖章或者按指印时合同成立。但在签名、盖章或者按指印之前，当事人一方已经履行主要义务，对方接受时，该合同同样成立。这一原则同样适用于仲裁协议，即如果双方已经实际履行了协议中的相关条款，且未对仲裁条款提出异议，可以视为双方对仲裁条款的认可。
仲裁协议的具体效力
已履行条款的证明作用：
- 双方已经履行了协议中的相关条款，这一行为本身可以作为仲裁协议有效性的有力证明。它表明双方不仅在形式上达成了协议，而且在实质上也按照协议的内容进行了操作。
仲裁机构的认可：
- 在实践中，仲裁机构通常会根据双方的实际行为和协议内容来判断仲裁协议的有效性。如果仲裁机构认为双方已经通过实际履行表明了接受仲裁的意愿，且仲裁协议的内容符合法律规定，那么仲裁机构很可能会受理基于该协议的仲裁申请。
可能的例外情况
一方提出异议：
- 如果在仲裁过程中，一方当事人提出异议，认为未盖公章的仲裁协议无效，那么仲裁机构或法院将需要根据具体情况来判断仲裁协议的有效性。这通常涉及到对双方实际行为、协议内容以及相关法律法规的综合考量。
法律法规的特殊规定：
- 在某些特殊情况下，法律法规可能对仲裁协议的形式要件有更为严格的规定。例如，某些行业或领域的合同可能要求必须加盖公章才能生效。在这种情况下，未盖公章的仲裁协议可能会被视为无效。但这种情况较为罕见，且需要具体法律法规的支持。
法律建议
- 完善协议形式：为了避免潜在的争议和风险，建议当事人在签订仲裁协议时尽量完善协议形式，包括加盖公章或签字确认等。
- 保留履行证据：如果协议未盖公章但已经履行相关条款，建议当事人保留好履行协议的相关证据，如交易记录、沟通记录等，以备不时之需。
- 及时咨询专业律师：如果在仲裁过程中遇到任何问题或争议，建议当事人及时咨询专业律师以获取法律支持和建议。
总结来看，协议未盖公章但已经履行相关条款时，仲裁协议在符合双方真实意思表示、合同成立与生效等条件下仍然有效。但为了避免潜在的争议和风险，建议当事人在签订和履行协议时尽量完善相关手续并保留好相关证据。如有任何疑问或需要进一步的法律支持，请直接向我咨询。