建设工程施工合同上加盖的不是公司备案印章，其效力不能一概而论，需根据具体情况进行认定。以下从不同角度为您详细分析：
一、应归责于用章单位的情形
公司刻意制作两套甚至多套公章：
- 若公司存在刻意制作多套公章的行为，且其中一套非备案公章被用于签订建设工程施工合同，为保护善意相对人和维护交易安全，根据《全国法院民商事审判工作会议纪要》第41条的规定，合同效力取决于盖章之时代理人有无代表权或代理权。
- 法律建议：在此情形下，若能够表明法定代表人或其授权的人是以法人的名义签订合同，应当由法人承担相应的责任。因此，您需重点审查盖章人的代表权或代理权，以及合同签订过程中是否存在其他表明法人意愿的证据。
法定代表人私刻公章：
- 若法定代表人私刻公章并用于签订建设工程施工合同，同样根据《全国法院民商事审判工作会议纪要》第41条，合同效力也取决于盖章之时代理人有无代表权或代理权。
- 法律建议：您需核实法定代表人私刻公章的事实，并审查其在合同签订过程中的代表权或代理权。若法定代表人以法人名义签订合同，且您作为善意相对人不知情，则法人可能需承担相应责任。
二、盖章人不具有代理权或代表权的情形
无权代理或不能代表公司签约：
- 若盖章人不具有代理权或代表权，且未构成表见代理或表见代表，则根据《民法典》的有关规定，合同效力待定或无效。
- 法律建议：在此情形下，您需审查盖章人是否获得合法授权，以及合同签订过程中是否存在其他表明法人意愿的证据。若无法证明盖章人具有代表权或代理权，则合同可能无效，您需考虑通过其他途径维护自身权益。
合同欺诈情形：
- 若他人冒用单位之名与您签订建设工程施工合同，或您伪造公章骗取合同利益，则此类行为根据《民法典》第一百四十八条，可依受欺诈方请求予以撤销。构成犯罪的，可依法追究刑事责任。
- 法律建议：您需仔细审查合同签订过程中的各项证据，包括公章的真实性、合同条款的合理性等。若发现存在欺诈行为，应及时向公安机关报案，并通过法律途径维护自身权益。
三、举证责任与法律后果
- 在涉及非备案公章的建设工程施工合同纠纷中，举证责任通常由主张合同有效的一方承担。即您需提供证据证明盖章人具有代表权或代理权，或合同签订过程中存在其他表明法人意愿的证据。
- 法律建议：若您无法提供充分证据证明合同效力，则可能承担不利后果。因此，在签订建设工程施工合同时，务必确保公章的真实性和合法性，并保留好合同签订过程中的各项证据。
总结来说，建设工程施工合同上加盖的不是公司备案印章，其效力需根据盖章人的代表权或代理权、合同签订过程中的其他证据以及是否存在欺诈行为等因素进行综合认定。在处理此类纠纷时，建议您及时咨询专业律师，以便更好地维护自身权益。