当备案施工合同和实际施工合同不一致时，其认定和结算依据需根据具体情况来确定，以下是我的详细分析：

1. 法律规定与原则：

   • 根据最高人民法院《关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条，若当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
   • 这一规定的立法渊源是我国招标投标法，旨在规范招投标活动，防止扰乱社会经济秩序和损害社会公共利益。

2. 公共工程与非公共工程的区别：

   • 对于必须招投标的公共工程（如大型基础设施、公用事业等），应强制适用上述规定，即备案的中标合同作为结算依据。
   • 对于非公共工程，则更宜遵循当事人意思自治原则。若双方签订了建设工程施工合同，并进行了登记备案，但实际履行的是另一份合同，此时应探究当事人的真实意思和合同的实际履行情况来确定结算依据。

3. 实质性内容不一致的判断：

   • 实质性内容不一致的判断需从另行签订合同的时间、内容变更的性质和目的等方面进行综合审查。
   • 若备案中标合同与另行签订的合同仅在工程价款的约定上不一致，而其他方面（如工程范围、质量、工期）没有实质性区别，则通常认定为实质性内容不一致，以备案中标合同为准。
   • 若变更内容涉及工程范围、质量、工期等多个方面，且变更与工程价款的变化基本对等，且当事人实际履行的是变更后的合同，则可能不认定为实质性内容不一致，此时应按另行签订的合同约定结算。

4. 实际操作建议：

   • 在签订合同时，应尽可能明确合同内容，避免产生“阴阳合同”或“黑白合同”的情况。
   • 若已存在不一致的合同，应尽快与对方协商明确结算依据，并尽可能收集证据以支持自己的主张。
   • 在必要时，可寻求专业律师的帮助，通过法律途径解决争议。

综上所述，备案施工合同和实际施工合同不一致时，其认定和结算依据需根据具体情况、法律规定及当事人意思自治原则来确定。若您在具体案件中遇到此类问题，建议详细咨询专业律师以获取更准确的法律意见。