建设工程施工合同备案合同与实际履行合同不一致时，结算依据需分情况讨论：
一、必须招投标的工程项目
备案合同作为结算依据：
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释》第二十一条规定，当事人就同一建设工程另行订立的建设工程施工合同与经过备案的中标合同实质性内容不一致的，应当以备案的中标合同作为结算工程价款的根据。
- 这是因为必须招投标的工程项目涉及公共利益，备案合同经过法定程序，具有更高的法律效力，旨在规范招投标活动，防止串通投标等行为。
例外情况：
- 如果必须招投标的工程项目中，因串标、围标等原因导致中标无效，那么所签订的施工合同也无效。此时，若承发包双方在备案合同之外又签订了与备案合同不一致的合同或补充协议，且该合同或补充协议是双方真实意思表示，那么应以后合同或补充协议作为结算工程价款的依据。但这种情况较为特殊，且需满足双方真实意思表示等条件。
二、非必须招投标的工程项目
实际履行合同作为结算依据：
- 对于非必须招投标的工程项目，双方签订了建设工程施工合同，并按照建设行政主管部门的规定进行了登记备案，但备案合同与实际履行合同不一致时，应探究当事人的真实意思和合同的实际履行情况，确定一份合同作为结算依据。
- 通常情况下，如果实际履行的合同是双方真实意思表示，且未违反法律、行政法规的强制性规定，那么应以实际履行的合同作为结算工程价款的依据。
备案合同不必然作为结算依据：
- 登记备案的合同并不必然作为双方的结算依据，特别是在非必须招投标的工程项目中。因为备案合同可能仅是为了满足行政程序要求，而实际履行的合同才是双方真实交易意图的体现。
三、实际操作中的建议
审查合同内容：
- 在签订建设工程施工合同时，应仔细审查合同内容，确保备案合同与实际履行合同在实质性内容上保持一致。如果确实需要签订两份不同的合同，应明确哪份合同作为结算依据，并在合同中予以明确约定。
保留证据：
- 在合同履行过程中，应保留好与合同履行相关的所有证据，包括但不限于施工记录、验收报告、付款凭证等。这些证据在发生纠纷时，将有助于证明实际履行情况，从而确定结算依据。
及时咨询律师：
- 如果在合同履行过程中发现备案合同与实际履行合同不一致，或者对结算依据存在疑问，应及时咨询专业律师。律师将根据具体情况提供法律意见，帮助当事人维护自身合法权益。
总结来看，建设工程施工合同备案合同与实际履行合同不一致时，结算依据需根据工程项目是否必须招投标以及双方真实意思表示等因素进行综合判断。在实际操作中，应仔细审查合同内容、保留好相关证据，并在必要时及时咨询律师。