在建设工程领域，当备案合同与补充协议在合同总价和单价上存在不一致时，通常应以实际履行的补充协议为准进行结算，但具体还需结合法律规定、合同约定及实际情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、法律原则与规定
意思自治原则：
- 根据《中华人民共和国民法典》的相关规定，当事人之间可以就合同条款进行协商并达成一致意见。如果备案合同与补充协议在内容上存在不一致，且这种不一致是双方真实意思表示的结果，那么应当尊重当事人的意思自治，以实际履行的合同为准。
“阴阳合同”的效力问题：
- 在建设工程领域，“阴阳合同”现象较为普遍。其中，“阳合同”（备案合同）往往用于行政监管或备案目的，而“阴合同”（补充协议）则反映了双方的真实交易条件和价款约定。若补充协议系双方真实意思表示且不违反法律法规强制性规定，其效力应优先于仅用于备案的合同。
司法解释的规定：
- 需要注意的是，虽然《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》中提到了备案合同作为结算依据的情况，但这主要针对的是备案合同为“中标合同”且两份合同存在“实质性内容不一致”的情形。若实际履行的补充协议并非基于中标结果签订，或者两份合同的差异并不构成“实质性内容不一致”，则不能简单适用该条规定。
二、实际操作中的考量因素
合同内容的合法性：
- 首先需确认补充协议的内容是否违反法律法规的强制性规定。例如，若补充协议中存在违法转包、肢解发包等条款，则该部分约定无效，此时不能以补充协议为准。
实际履行情况：
- 通过工程款支付凭证、工程验收记录等证据材料，可以验证补充协议是否被实际执行。若双方已按补充协议完成主要义务，如工程款的支付、工程的验收等，则其效力更易被认可。
备案合同的性质：
- 若备案合同仅为满足行政管理要求而签订，未反映真实交易条件，则其作为结算依据的合理性将受到质疑。此时，应更倾向于以实际履行的补充协议为准。
三、特殊情况的处理
合同无效情形：
- 如果实际履行的补充协议存在违法违规情形（如转包、违法分包等），导致合同无效，那么即使该合同反映了双方的真实意思表示，也不能作为结算工程价款的依据。此时，应根据相关法律法规和司法解释的规定，确定工程价款的结算方式。
备案合同的特殊作用：
- 在某些情况下，备案合同可能具有特殊的法律效力。例如，在涉及工程质量保修、税费缴纳等问题时，备案合同可能作为相关部门的执法依据。因此，在处理此类纠纷时，需要综合考虑备案合同的特殊作用，但并不意味着在合同总价和单价不一致时，一定以备案合同为准。
四、建议与措施
强化证据意识：
- 建议施工方在施工过程中注意留存补充协议的签署文件、履约凭证等材料，如工程款支付记录、工程变更通知、验收报告等，以便在争议发生时提供有力支持。
合规性审查：
- 签订补充协议前需确保其内容不违反建筑法、招投标法等强制性规定，避免因条款无效导致权益受损。同时，对于涉及工程价款结算等重大变更的补充协议，建议按当地住建部门要求办理备案手续以增强证据效力。
及时咨询与处理：
- 若在合同履行过程中发现备案合同与补充协议存在不一致的情况，应及时与对方沟通协商，明确以哪份合同为准进行结算。若协商不成，应及时咨询专业律师，通过法律途径解决争议。
综上所述，当建设工程备案合同与补充协议在合同总价和单价上存在不一致时，通常应以实际履行的补充协议为准进行结算。但具体还需结合法律规定、合同约定及实际情况综合判断。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。