在施工合同与备案合同价款存在差异时，原则上应以备案合同作为结算工程价款的依据，但具体还需根据差异原因及合同履行情况综合判断。以下是对此问题的详细分析：
一、备案合同的法律效力
备案合同是在相关行政主管部门（如建委）进行备案的，具有法律效力，且更加具有权威性。备案制度是保障合同双方权益、维护市场秩序的重要环节，备案合同的法律效力受到法律的保护和认可。因此，在一般情况下，若实际施工合同与备案合同在价款或其他实质性内容上存在差异，应以备案合同为准进行结算。
二、差异原因及处理原则
“黑白合同”情形：
- 法律规定：根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》第二条，当招标人和中标人另行签订的建设工程施工合同与中标合同在实质性内容（如工程范围、建设工期、工程质量、工程价款等）上不一致时，人民法院应支持按照中标合同确定权利义务。
- 分析：在此情形下，备案的中标合同（即“白合同”）具有更高的法律效力，应当作为结算工程价款的依据。这是因为中标合同经过了公开透明的招投标程序，并依法进行了备案，具有更强的公信力和权威性。若双方另行签订的合同（即“黑合同”）在实质性内容上与中标合同不一致，且未经过合法的变更程序，则“黑合同”可能被认定为无效，不影响“白合同”的效力。
非“黑白合同”情形：
- 法律规定：根据《中华人民共和国民法典》第五百四十三条，当事人协商一致，可以变更合同。
- 分析：若合同价差异并非源于“黑白合同”，而是由于其他合理原因（如市场变化、设计变更等），且双方通过合法的补充协议对合同价款进行了变更，那么此时应以双方达成一致的合同或补充协议约定的价款为准。这是基于意思自治原则，尊重双方当事人的真实意愿和合同约定。但需注意，该变更需不违反法律法规的强制性规定，否则可能被认定为无效。
三、综合建议
- 审查合同类型：首先应明确是否存在“黑白合同”情形。若存在，则直接以备案的中标合同作为结算依据；若不存在，则需进一步审查双方是否通过合法的补充协议对合同价款进行了变更。
- 保留证据：在处理此类问题时，双方应保留好相关证据，如招投标文件、中标通知书、备案合同、补充协议等，以便在发生纠纷时能够证明自己的主张。
- 寻求专业帮助：若双方对合同价款存在争议且无法自行解决，建议寻求专业律师的帮助，通过法律途径维护自己的合法权益。
在处理施工合同与备案合同价款差异的问题时，应确保合同履行的合法性和有效性，维护市场秩序和双方当事人的合法权益。若您在此方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。