在处理建设工程合同金额与结算金额不一致的问题时，我们首先要明确的是，这种情况并不罕见，且其处理方式需综合考虑合同约定、法律规定以及实际情况。以下是我为您提供的详细分析和处理建议：
一、明确差异原因
首先，双方应深入核对合同内容与实际履行情况，明确结算金额与合同金额产生差异的具体原因。可能的原因包括但不限于：
- 合同约定调整机制：如合同中包含价格调整条款，根据市场材料价格波动、人工成本变化等因素对合同价格进行了调整。
- 合同变更：在合同履行过程中，双方可能协商变更了合同的标的、数量、质量、价款或报酬等内容。
- 违约行为：如一方未按时支付款项或未履行合同义务，导致结算金额中包含了违约金或赔偿金。
- 不可抗力或意外事件：如自然灾害等不可抗力因素影响了合同履行成本和进度，双方协商调整了结算价格。
二、依据合同约定处理
合同有明确约定：
- 若合同中已明确约定了价格调整机制、工程量按实结算等条款，则应严格按照合同约定执行。例如，因设计变更导致实际工程量增加，双方应按照实际完成量及约定单价进行结算。
合同没有明确约定：
- 在此情况下，首选协商解决。双方应基于公平、合理原则，分析差异原因，并重新确定结算金额。若协商成功，可签订补充协议变更原合同金额。
- 若协商不成，则可根据法律规定处理。如因一方违约导致金额不一致，守约方可要求对方承担违约责任；若因不可抗力或情势变更导致，受不利影响的当事人可与对方重新协商，协商不成时可请求人民法院或仲裁机构变更或解除合同。
三、采取争议解决方式
协商或调解：
- 双方应深入讨论金额不一致的原因、影响及解决方案，寻求一致意见。若自行协商无法达成一致，可寻求第三方调解机构的帮助，居中调解并提出合理解决方案。
申请仲裁：
- 若合同中有仲裁条款或双方达成仲裁协议，可将争议提交给约定的仲裁机构进行裁决。仲裁具有专业性、高效性和保密性，裁决具有终局性。
提起诉讼：
- 若未达成仲裁协议或不愿仲裁，可向有管辖权的人民法院提起诉讼。在诉讼过程中，双方需提供充分证据支持自己的主张，如合同文本、履行记录、变更通知等，由法院根据事实和法律作出判决。
四、实际操作建议
- 保留证据：双方在合同履行过程中应妥善保留相关证据，如合同文本、变更通知、履行记录等，以便在发生争议时提供证明。
- 及时沟通：一旦发现合同金额与结算金额存在不一致，双方应及时沟通并采取措施解决，避免问题扩大化。
- 专业咨询：在处理此类争议时，建议咨询专业律师或造价咨询机构以获取更具体的法律意见和造价指导。
综上所述，处理建设工程合同金额与结算金额不一致的问题时，双方应首先明确差异原因，然后依据合同约定和法律规定采取合理措施解决争议。在争议解决过程中，应注重沟通、协商和调解，必要时可依法申请仲裁或提起诉讼以维护自身合法权益。