建设工程合同中工程款与开票金额不一致，在符合特定条件的情况下是可以的，但需谨慎处理以避免法律风险。以下从不同角度进行分析：

1. 合同约定优先
   若合同中明确约定了工程款与开票金额可以存在差异（例如约定部分款项以非发票形式支付，或因税费调整、折扣等原因导致开票金额与实际结算款不一致），且该约定不违反法律强制性规定（如虚开发票、偷逃税款等），则双方应按合同履行。此时需注意：

   • 合同条款需清晰明确，避免歧义；
     
   • 差异原因需合法合理，例如因税费政策变化导致的调整；
     
   • 双方应保留书面记录（如补充协议、会议纪要等）证明差异的合法性。

2. 无约定时的处理原则
   若合同未约定差异情形，则需遵循以下规则：

   • 工程款是实际结算依据：开票金额通常应与工程款一致，但若因客观原因（如预付款、进度款分期开具发票）导致暂时不一致，需在最终结算时调整至一致；
     
   • 禁止虚开发票：若为逃避税款、套取资金等目的故意虚增或减少开票金额，可能构成《刑法》第二百零五条规定的“虚开发票罪”，或面临《税收征收管理法》的行政处罚。

3. 实务风险与建议

   • 税务合规风险：税务机关可能对差异进行核查，要求补缴税款或罚款。建议：
     
     • 定期核对工程款与开票金额，确保差异有合理依据；
       
     • 保留完整财务凭证（如合同、付款记录、发票等）以备查验。
       
   • 民事纠纷风险：若一方以差异为由主张对方违约，需举证差异的合法性。建议：
     
     • 在合同中明确差异处理方式（如“开票金额为暂估价，最终以审计结果为准”）；
       
     • 差异发生时及时签订补充协议，固定双方意思表示。

总结：工程款与开票金额不一致需以合法性为前提，建议通过合同约定或补充协议明确差异原因及处理方式，并确保税务合规。若您遇到具体纠纷或需起草合同条款，可直接向我咨询，我将结合细节提供进一步分析。