不可以直接按开票金额起诉，需根据实际情况确定诉讼金额。具体分析如下：

1. 发票金额与结算金额不一致的常见原因
   工程款结算中，发票金额与实际结算金额不一致可能由多种原因导致，例如：

   • 合同约定分期付款，发票按阶段开具，但最终结算时存在增项或减项；
     
   • 施工过程中发生设计变更、工程量调整，导致实际结算金额与合同金额或已开发票金额不符；
     
   • 双方对工程质量、工期等存在争议，结算时扣减了违约金或赔偿款；
     
   • 发票开具错误（如金额、税率错误），但未及时更正。
     

2. 诉讼金额的确定原则
   根据《民法典》及相关司法解释，工程款纠纷的诉讼金额应以实际应支付的工程款为准，而非单纯以发票金额为依据。具体需结合以下证据综合判断：

   • 合同约定：合同中关于工程价款、付款方式、结算条款的约定是核心依据；
     
   • 结算文件：双方签署的结算协议、验收单、工程量清单等文件；
     
   • 实际履行情况：如施工记录、变更签证、付款凭证等；
     
   • 发票开具情况：发票仅是付款凭证之一，若与实际结算金额不符，需结合其他证据证明实际欠款金额。
     

3. 直接按开票金额起诉的风险

   • 若发票金额高于实际结算金额，对方可能以“多开发票”为由抗辩，要求返还差额；
     
   • 若发票金额低于实际结算金额，法院可能以“证据不足”为由驳回超出部分的诉求；
     
   • 发票本身无法直接证明双方对工程款的最终合意，需结合其他证据形成完整证据链。
     

4. 建议处理方式

   • 核对结算资料：整理合同、结算单、变更签证等文件，明确实际应付款金额；
     
   • 协商补开发票或更正：若因发票问题导致金额不符，可与对方协商补开或红冲发票；
     
   • 起诉时明确诉求：在诉状中写明“实际应支付工程款为XX元（附结算依据），发票金额与结算金额不一致，以实际结算为准”；
     
   • 申请司法鉴定：若对工程量或造价有争议，可申请法院委托鉴定机构进行评估。
     

总结：工程款纠纷中，发票金额仅是参考，诉讼金额需以实际结算依据为准。建议先通过协商或补充证据明确欠款金额，再提起诉讼。如有进一步疑问，可直接向我咨询具体案件情况。