在民事诉讼中，起诉金额的确定需结合具体交易模式及证据情况，通常以实际应付未付金额为准，但发票金额与付款金额不一致时需分情况处理：

1. 发票金额与合同金额一致，但付款未足额
   若双方签订书面合同明确约定交易金额，且发票金额与合同金额相符，但买方未全额支付，应以合同金额扣除已付款后的余额作为起诉金额。此时需提供合同、发票、付款凭证等证据，证明买方违约事实。

2. 发票金额与实际交易金额不符

   • 发票金额高于实际交易：若因虚开发票、多开票等原因导致发票金额高于实际应付金额，起诉金额应以实际交易金额为准，但需提供送货单、对账单、沟通记录等证据证明真实交易情况。
     
   • 发票金额低于实际交易：若卖方未足额开票，但买方已部分付款，起诉金额应为实际未付部分，此时需补充提供合同、送货单、催款记录等证据，证明买方应付总额及已付金额。

3. 无书面合同，仅以发票和付款记录为证
   若双方未签订书面合同，但存在长期交易习惯（如定期对账、签收单等），起诉金额可结合发票金额与付款记录差额确定，但需注意：

   • 发票本身仅是付款凭证，不能直接证明交易金额，需辅以其他证据（如送货单、对账单、聊天记录）形成完整证据链；
     
   • 若买方抗辩发票金额包含其他费用（如返利、折扣），卖方需进一步举证证明发票金额与实际交易金额的对应关系。

实务建议：

• 起诉前需全面梳理交易证据，包括合同、发票、付款凭证、送货单、对账单、沟通记录等，确保起诉金额有充分依据；
  
• 若发票金额与实际交易金额存在差异，建议通过补充协议、对账单等方式固定双方认可的金额，避免诉讼风险；
  
• 涉及税务问题的，需注意虚开发票可能承担行政或刑事责任，起诉金额应与真实交易一致。
  

如有具体案件细节，可进一步提供信息，我将结合证据情况为您分析诉讼策略。