打款金额与合同金额不符，不可以作为不给开发票的理由。下面我来详细解释一下：

1. 发票开具的法律依据：根据《中华人民共和国发票管理办法》的规定，销售商品、提供服务以及从事其他经营活动的单位和个人，对外发生经营业务收取款项，收款方应当向付款方开具发票。这意味着，只要发生了真实的交易并且收取了款项，无论金额大小，都应该开具发票。

2. 合同金额与打款金额的关系：合同金额是双方约定的交易金额，而打款金额是实际支付的金额。在某些情况下，由于各种原因（如折扣、预付款、尾款等），打款金额可能会与合同金额不一致。但这并不影响发票的开具，因为发票是基于实际发生的交易和收款来开具的。

3. 正确处理方式：如果打款金额与合同金额不符，双方应该首先核对交易记录，确认实际交易金额。然后，根据实际交易金额来开具发票。如果确实存在差额，可以在发票上注明或者通过其他方式（如补充协议）进行说明。

4. 法律后果：如果因为打款金额与合同金额不符而拒绝开具发票，可能会面临税务部门的处罚，因为这将被视为未按规定开具发票的行为。同时，这也可能影响双方的商业信誉和合作关系。

综上所述，打款金额与合同金额不符并不能作为不给开发票的理由。正确的做法是根据实际交易金额来开具发票，并通过合适的方式处理任何差额。如果你在这方面有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请随时向我咨询。