法院在认定合同签订后对方不认可公章的情形时，主要会从公章的真实性、合同签订过程、双方交易习惯及实际履行情况等多个角度进行综合判断。具体分析如下：

1. 公章的真实性鉴定：

   • 法院首先会考虑对公章的真实性进行鉴定。这通常涉及委托专业的鉴定机构，对合同上加盖的公章与对方备案或常用的公章进行比对，以确定其是否一致。
   • 如果鉴定结果显示公章是真实的，那么对方不认可公章的抗辩通常难以成立，法院会倾向于认定合同是双方真实意思的表示。

2. 合同签订过程的审查：

   • 法院会审查合同签订的具体过程，包括签订地点、时间、参与人员等，以判断合同签订是否符合双方的交易习惯或行业惯例。
   • 如果合同签订过程规范，且有充分的证据表明双方是在平等、自愿的基础上签订的合同，那么即使对方事后不认可公章，法院也可能认定合同有效。

3. 双方交易习惯及实际履行情况：

   • 法院会考虑双方之前的交易习惯，以及合同签订后的实际履行情况。如果双方之前有多次交易，且均使用相同的公章，且合同签订后双方均按照合同约定履行了各自的义务，那么对方不认可公章的抗辩可能缺乏合理性。
   • 实际履行情况也是法院判断合同效力的重要依据。如果合同已经部分或全部履行，且对方在履行过程中未对公章提出异议，那么法院可能认为对方已经默认了公章的真实性。

4. 其他证据的考量：

   • 除了上述因素外，法院还会考虑其他相关证据，如双方之间的通信记录、付款凭证、交货单等，以辅助判断合同的真实性和有效性。
   • 这些证据可以形成完整的证据链，证明合同是双方真实意思的表示，且已经得到了实际履行。