结论：孕妇多次上班不符合考勤时间，用人单位一般不能直接辞退，但在特定情况下可能合法解除劳动合同。以下从不同角度进行分析：

一、一般情况下，用人单位不能直接辞退

根据《中华人民共和国劳动合同法》第四十二条的规定，女职工在孕期、产期、哺乳期的，用人单位不得依照本法第四十条、第四十一条的规定解除劳动合同。这意味着，在孕妇没有严重违反用人单位规章制度、严重失职给用人单位造成重大损害等法定过错情形下，用人单位不能仅因孕妇多次上班不符合考勤时间就辞退她。

举例：小李是一名孕妇，近期由于身体不适，偶尔上班迟到几分钟，但并未严重影响工作。此时，用人单位不能以小李多次上班不符合考勤时间为由将其辞退。

二、特定情况下，用人单位可能合法解除劳动合同

虽然孕妇在孕期受到特殊保护，但如果孕妇存在严重违反用人单位规章制度的行为，用人单位可以依据《中华人民共和国劳动合同法》第三十九条的规定解除劳动合同。这里的“严重违反用人单位规章制度”需要用人单位有明确的规章制度，并且该规章制度已经告知孕妇，同时孕妇的行为确实达到了严重的程度。

具体分析：

1. 规章制度合法有效：用人单位的规章制度必须合法有效，即内容不违反法律法规的强制性规定，制定程序合法（如经过职工代表大会或者全体职工讨论，提出方案和意见，与工会或者职工代表平等协商确定等），并且已经向劳动者公示或者告知。
2. 孕妇行为严重违反规章制度：孕妇多次上班不符合考勤时间，如果这种行为已经严重影响了用人单位的正常生产经营秩序，或者给用人单位造成了重大损失，且用人单位的规章制度中明确规定了此类行为属于严重违反规章制度，那么用人单位可以辞退孕妇。

举例：某公司规章制度规定，员工一个月内迟到超过5次属于严重违反规章制度，公司有权解除劳动合同。小张是一名孕妇，一个月内迟到了6次，且每次迟到都导致重要会议无法按时召开，给公司造成了较大损失。此时，公司可以依据规章制度辞退小张。

三、法律建议

1. 对于孕妇：如果因身体原因等特殊情况无法按时上班，建议及时与用人单位沟通，说明情况，并尽量提供相关的医疗证明。同时，遵守用人单位的规章制度，尽量避免出现多次上班不符合考勤时间的情况。
2. 对于用人单位：在制定规章制度时，应明确规定员工违反考勤制度的具体情形和相应的处理措施，并确保规章制度合法有效。在处理孕妇违反考勤制度的问题时，应谨慎行事，避免侵犯孕妇的合法权益。如果确实需要解除劳动合同，应确保有充分的证据证明孕妇的行为严重违反了规章制度。

可能法律后果：如果用人单位违法辞退孕妇，孕妇可以依法向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求用人单位继续履行劳动合同或者支付赔偿金。赔偿金的标准按照经济补偿标准的二倍计算。

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