当劳动者未提前三十天提出辞职申请就擅自离职时，企业可以按照以下步骤来处理：

一、理解法律规定

首先，企业需要明确的是，根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定，劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同（试用期内提前三日）。这是劳动者的基本权利，但同时也要求劳动者在离职前履行一定的通知义务，以便企业有足够的时间进行人员调整和工作交接。然而，法律并未规定劳动者未提前三十天通知离职需支付违约金，仅在专业技术培训和竞业限制的情形下，可与劳动者约定违约金。

二、评估企业损失

在劳动者未提前通知离职的情况下，企业应首先评估因此造成的实际损失。这可能包括因岗位空缺导致的生产延误、额外招聘和培训成本、客户流失等。企业需要保留好相关证据，如招聘广告、培训记录、客户反馈等，以证明劳动者的违法行为与企业的损失具有因果关系。

三、与劳动者沟通

企业应尝试与劳动者进行沟通，了解其离职原因和未提前通知的情况。在沟通过程中，企业可以强调劳动者应履行的通知义务和工作交接责任，并要求劳动者配合完成相关工作。如果劳动者愿意配合，企业可以与其协商解决方案，如延长离职时间、协助完成工作交接等。

四、依据规章制度处理

如果企业的规章制度中对离职手续、旷工等有相关规定，企业可以按照规章制度对劳动者进行处理。例如，扣发未提前通知期间的工资（但需注意，扣发工资需符合法律法规的规定，不能随意扣发）、要求劳动者承担因未提前通知而给企业造成的损失等。但企业在行使这些权利时，必须确保规章制度的合法性和合理性，并已经向劳动者进行了公示或告知。

五、寻求法律途径

如果劳动者拒绝配合完成工作交接或拒绝承担因未提前通知而给企业造成的损失，企业可以考虑通过法律途径来维护自身权益。企业可以向劳动争议仲裁委员会申请仲裁，要求劳动者承担赔偿责任。在仲裁过程中，企业需要提供充分的证据来证明劳动者的违法行为和企业的损失。

六、完善企业制度

为了避免类似情况的发生，企业应完善自身的离职管理制度和工作交接制度。明确离职流程、通知期限、工作交接要求等，并通过培训、公示等方式确保劳动者了解并遵守这些制度。同时，企业也可以考虑与劳动者签订离职协议，明确双方的权利和义务，以减少纠纷的发生。

综上所述，当劳动者未提前三十天提出辞职申请就擅自离职时，企业应首先理解法律规定，评估企业损失，与劳动者沟通协商，依据规章制度处理，并在必要时寻求法律途径来维护自身权益。同时，企业也应完善自身制度，以减少类似情况的发生。