当员工未提前三十天申请离职时，公司可以依据相关法律法规和劳动合同的约定来处理这一问题。以下是一些详细的处理步骤和建议：

一、法律依据

根据《中华人民共和国劳动合同法》的相关规定：

1. 劳动者解除劳动合同的通知义务：劳动者提前三十日以书面形式通知用人单位，可以解除劳动合同。这是劳动者的法定义务，旨在保障用人单位有足够的时间来安排工作交接和寻找替代人员。

2. 劳动者违法解除劳动合同的责任：如果劳动者未履行提前三十日的通知义务，且给用人单位造成了实际损失，那么劳动者应当承担相应的赔偿责任。但需要注意的是，赔偿的前提是用人单位能够证明存在实际损失，并且该损失与劳动者的违法行为有直接的因果关系。

二、公司处理步骤

1. 核实情况：

   • 首先，公司需要核实员工是否确实未提前三十天提出离职申请，并且是否已经实际离职。
   • 同时，公司应检查劳动合同中是否有关于离职通知期限和违约责任的约定。

2. 沟通协商：

   • 在确认员工未履行通知义务后，公司可以尝试与员工进行沟通，了解其离职原因和具体情况。
   • 通过协商，公司可以尝试与员工达成一致，比如要求员工继续工作一段时间以完成工作交接，或者协商赔偿事宜。

3. 依据规章制度处理：

   • 如果公司有明确的规章制度关于离职手续和旷工的规定，那么公司可以按照这些规定来处理员工的未通知离职行为。
   • 例如，公司可以扣发员工未提前通知期间的工资（但需注意，扣发工资的数额应合理，且不能违反法律法规的最低工资标准等规定），或者要求员工承担因未提前通知而给公司造成的直接经济损失。

4. 法律途径：

   • 如果员工拒绝配合或协商无果，且公司能够证明因员工未提前通知离职而遭受了实际损失，那么公司可以考虑通过法律途径来维护自身权益。
   • 公司可以向劳动人事争议仲裁委员会申请仲裁，要求员工承担赔偿责任。在仲裁过程中，公司需要提供充分的证据来证明其损失的存在以及该损失与员工未提前通知离职之间的因果关系。

三、建议与注意事项

1. 完善劳动合同和规章制度：

   • 公司应在劳动合同中明确约定离职通知期限和违约责任，以便在员工未履行通知义务时有明确的依据来处理。
   • 同时，公司应制定完善的规章制度，明确离职手续、旷工等事项的处理方式，以确保在处理类似情况时有章可循。

2. 保留证据：

   • 在处理员工未提前通知离职的情况时，公司应保留好相关证据材料，如员工的离职申请（或缺乏离职申请的证明）、工作交接记录、公司因员工离职而遭受的损失证明等。

3. 合理合法处理：

   • 公司在处理员工未提前通知离职的情况时，应确保处理方式合理合法，避免侵犯员工的合法权益。例如，扣发工资的数额应合理且符合法律法规的规定；要求员工承担赔偿责任时，应确保损失的真实性和合理性。

综上所述，当员工未提前三十天申请离职时，公司应依据相关法律法规和劳动合同的约定来处理这一问题。通过沟通协商、依据规章制度处理以及必要时采取法律途径等方式来维护自身权益。同时，公司也应完善劳动合同和规章制度、保留证据并合理合法地处理类似情况。