针对您提出的“员工试用期怀孕了但试用期不合格怎么办”这一问题，我们需要从法律框架和实际操作两个层面来详细解答。
首先，从法律层面来看，试用期解除劳动合同必须基于合法、正当的理由，并且用人单位需要承担举证责任。根据《劳动争议调解仲裁法》及相关司法解释，如果用人单位以“不能胜任工作”为由解聘试用期员工，必须提供充分的证据来证明该员工确实不能胜任其岗位工作。这包括但不限于工作表现记录、考核评估结果、培训记录等。如果用人单位无法提供这些证据，那么其解除劳动合同的行为可能构成违法解除，需要支付赔偿金。
接下来，针对您提到的“员工试用期怀孕”这一特殊情况，怀孕并不是试用期解除劳动合同的合法理由。根据《劳动合同法》及相关法律法规，女职工在孕期、产期、哺乳期内，用人单位不得以非法定理由解除劳动合同。因此，如果员工在试用期内怀孕，并且用人单位试图以此为由解除劳动合同，这是不合法的。
那么，针对“试用期不合格”的情况，用人单位应该如何处理呢？
明确试用期考核标准：在员工入职时，用人单位应与其明确试用期的考核标准、考核方式以及考核周期。这有助于在试用期结束时，对员工的工作表现进行客观、公正的评估。
进行合法、公正的考核：在试用期内，用人单位应按照既定的考核标准对员工进行考核。考核过程应公开、透明，确保员工了解考核内容和结果。
提供改进机会：如果员工在试用期内表现不佳，但用人单位认为其有潜力改进，可以给予一定的改进期或提供培训支持。这有助于员工提升工作能力，同时也体现了用人单位的人文关怀。
合法解除劳动合同：如果经过考核，员工确实不能胜任其岗位工作，并且用人单位已经提供了必要的改进机会和支持，那么用人单位可以依据《劳动合同法》的相关规定，合法解除劳动合同。但在此过程中，用人单位必须确保解除理由合法、正当，并且已经履行了举证责任。
综上所述，针对“员工试用期怀孕了但试用期不合格”的情况，用人单位不能仅凭怀孕或试用期表现不佳就随意解除劳动合同。而应该依据法律法规，通过合法、公正的考核程序来评估员工的工作表现，并据此作出决策。如果确实需要解除劳动合同，也必须确保解除理由合法、正当，并且已经履行了举证责任。