结论：在对方起诉要求支付工程款，而您未就工程质量问题反诉而是选择另案起诉的情况下，确实存在一定的驳回风险，但具体风险程度及是否会被驳回，需结合案件具体情况综合判断。以下从不同角度为您详细分析：
一、法律程序角度
反诉与另诉的选择：
- 反诉是在已经开始的诉讼程序中，被告向本诉的原告提出的、与本诉有牵连的独立的反请求。选择反诉可以节省诉讼资源，避免重复举证和质证，且法院可以合并审理，提高诉讼效率。
- 另诉则是被告在原诉讼之外，就与原诉讼相关或独立的请求另行提起诉讼。另诉虽然给予了被告更多的诉讼策略选择，但也可能面临诉讼成本增加、诉讼周期延长以及法院可能认为两案存在关联而要求合并审理或中止审理等风险。
驳回风险：
- 如果工程质量问题与工程款支付问题紧密相关，且法院认为两案应当合并审理以查明事实、分清责任，那么您另案起诉可能会被法院以“两案存在关联，应合并审理”为由驳回起诉或中止审理，待原工程款支付案件审结后再恢复审理。
- 如果工程质量问题与工程款支付问题相对独立，且您能够提供充分证据证明两案不存在必须合并审理的情形，那么您另案起诉被驳回的风险相对较低。
二、实体法律角度
工程质量问题的抗辩与反诉：
- 在工程款支付纠纷中，如果发包方（您）认为承包方施工的工程质量存在问题，且该问题足以影响工程款的支付或构成违约，那么发包方可以在原诉讼中提出抗辩或反诉，要求减少工程款支付、赔偿损失或承担违约责任等。
- 如果发包方未在原诉讼中提出抗辩或反诉，而是选择另案起诉，那么发包方需要承担更重的举证责任，以证明工程质量问题确实存在且与承包方有关。
诉讼时效与举证责任：
- 无论您选择反诉还是另诉，都需要注意诉讼时效的问题。如果工程质量问题已经超过法定诉讼时效期间，那么您可能面临败诉的风险。
- 在另诉中，您需要承担更重的举证责任，以证明工程质量问题、损失大小以及与承包方的因果关系等。如果证据不足或存在瑕疵，那么您可能面临败诉或驳回起诉的风险。
三、建议与策略
综合评估案件情况：
- 在决定是否另案起诉前，建议您综合评估案件的具体情况，包括工程质量问题的严重程度、与工程款支付问题的关联性、证据的充分性以及诉讼成本等因素。
考虑反诉的可能性：
- 如果工程质量问题与工程款支付问题紧密相关，且您认为在原诉讼中提出反诉更为有利，那么可以考虑在原诉讼中提出反诉，以节省诉讼资源并提高诉讼效率。
充分准备证据和法律依据：
- 无论您选择反诉还是另诉，都需要充分准备证据和法律依据，以支持您的主张。这包括工程质量检测报告、照片、视频、合同条款、相关法律法规等。
咨询专业律师：
- 由于建设工程纠纷涉及复杂的法律关系和专业知识，建议您在决定诉讼策略前咨询专业律师的意见。我可以根据您的具体情况提供针对性的法律建议和诉讼策略。
最后，如果您在建设工程领域遇到任何法律问题或需要进一步的法律咨询，请随时向我提问。我会根据您的具体情况提供全面、准确的法律解答和诉讼策略建议。