结论：在对方起诉要求支付工程款，而我方通过司法鉴定证明工程质量不合格的情况下，我方确实可以反诉对方因工程质量不合格给我方造成的损失赔偿。以下从多个角度对此问题进行分析：
一、法律基础与反诉权利
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及《中华人民共和国建筑法》的相关规定，若工程质量不合格并因此导致损害，受害者有权向相关责任者要求赔偿。这为我方反诉提供了明确的法律依据。
- 在建设工程合同中，双方通常都会约定工程质量标准及验收方式。若对方提供的工程不符合合同约定或国家强制性标准，即构成违约，我方有权要求其承担违约责任，包括赔偿损失。
反诉权利：
- 在诉讼过程中，被告有权针对原告的诉讼请求提出反诉，以维护自己的合法权益。因此，在我方被对方起诉要求支付工程款的情况下，若我方有证据证明工程质量不合格且因此遭受损失，完全可以提出反诉。
二、反诉的准备与证据收集
证据收集：
- 司法鉴定报告：作为证明工程质量不合格的关键证据，司法鉴定报告应由有资质的第三方检测机构出具，明确指出工程不符合的标准或合同约定。
- 合同文件：审查与对方签订的建设工程合同，确认工程质量标准、验收方式及违约责任等条款，作为判断对方是否违约的基础。
- 损失计算依据：包括返工费、重新采购费、工期延误损失、预期利润损失等直接和间接损失的计算依据，需充分证据支持因果关系。
- 沟通记录：保存与对方的沟通记录，证明我方在发现质量问题后及时提出了异议并要求整改。
反诉状撰写：
- 反诉状应明确反诉原告（即我方）、反诉被告（即对方）的基本信息。
- 提出具体的反诉请求，如要求对方赔偿因工程质量不合格造成的损失、承担返工费用等。
- 详细陈述事实经过、质量问题及法律依据，附上相关证据材料。
三、反诉的流程与注意事项
提交反诉状：
- 在答辩期内向受理对方起诉的法院提交反诉状及相关证据材料，缴纳反诉费用后等待法院审查立案。
参加庭审：
- 举证质证：在庭审过程中出示证据，说明其真实性、合法性及关联性，反驳对方的诉讼请求。
- 法庭辩论：围绕争议焦点阐述观点，反驳对方意见，强调工程质量不合格的事实及我方因此遭受的损失。
- 最后陈述：总结反诉请求和理由，请求法院支持我方的反诉请求。
注意事项：
- 时效性：注意反诉的提出时间，通常应在答辩期内提出，以免丧失反诉权利。
- 证据充分性：确保收集的证据充分、确凿，能够证明工程质量不合格及我方因此遭受的损失。
- 法律适用：准确适用相关法律法规，确保反诉请求有明确的法律依据。
四、可能的法律后果与应对策略
法律后果：
- 若法院支持我方的反诉请求，对方将需要承担赔偿损失、返工费用等法律责任。
- 若法院未支持我方的反诉请求，我方可能需要承担反诉费用及可能的败诉风险。
应对策略：
- 加强证据收集：在诉讼过程中继续收集有利于我方的证据，如专家意见、现场照片等。
- 寻求专业支持：如有需要，可以聘请具有建设工程领域专业知识的律师或专家作为代理人或证人，提供专业意见和支持。
- 积极协商调解：在诉讼过程中，可以积极与对方进行协商调解，寻求双方都能接受的解决方案，以降低诉讼成本和风险。
总结与建议：在对方起诉要求支付工程款且我方通过司法鉴定证明工程质量不合格的情况下，我方完全有权提出反诉要求对方赔偿损失。为确保反诉的成功，我方应充分收集证据、准确撰写反诉状、积极参加庭审并注意相关法律后果和应对策略。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。