结论：在工程未经验收但对方已经使用的情况下，你起诉要求支付工程款，而对方反诉工程质量问题，这是一个涉及工程款支付与工程质量责任的复杂纠纷。以下从法律角度为你详细分析并给出建议。
一、工程款支付的法律分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》第八百零七条，发包人未按照约定支付价款的，承包人可以催告发包人在合理期限内支付价款。发包人逾期不支付的，承包人可以与发包人协议将该工程折价，也可以请求人民法院将该工程依法拍卖，建设工程的价款就该工程折价或者拍卖的价款优先受偿。
- 根据《最高人民法院关于审理建设工程施工合同纠纷案件适用法律问题的解释（一）》的相关规定，当事人对建设工程的计价标准或者计价方法有约定的，按照约定结算工程价款。即使工程未整体验收，若合同中明确约定了付款节点或条件（如按进度付款），承包人仍可依据已完成工作量主张相应款项。
实际意义：
- 起诉要求支付工程款是承包人的合法权利，工程未经验收并不直接阻碍这一权利的行使。
- 通过诉讼，可以促使双方通过司法程序确认工程量、价款等争议，避免因长期拖延导致证据灭失或损失扩大。
二、工程质量反诉的法律分析
法律依据：
- 根据《中华人民共和国民法典》及相关司法解释，如果建设工程经竣工验收不合格，承包人应当承担继续履行、采取补救措施或者赔偿损失等违约责任。
- 若对方反诉工程质量问题，并能够提供充分证据证明工程质量确实存在缺陷，且该缺陷与你的施工行为有关，那么你可能需要承担相应的法律责任。
应对策略：
- 审查反诉证据：首先，你需要仔细审查对方提出的工程质量问题的证据，包括但不限于检测报告、照片、视频等，以评估其真实性和关联性。
- 提出抗辩：如果认为对方提出的工程质量问题不成立或与你无关，你可以提出抗辩，并提供相应证据支持你的观点。例如，你可以提供施工过程中的质量检查记录、验收报告等证据，证明你的施工行为符合合同约定和行业标准。
- 协商和解：在诉讼过程中，你也可以考虑与对方进行协商和解，以达成一个双方都能接受的解决方案。这有助于节省诉讼成本和时间，并维护双方的商业关系。
三、综合建议
- 收集证据：在起诉和应对反诉过程中，证据是关键。你需要尽可能收集施工合同、履约凭证、质量检查记录、验收报告等材料，以证明你的权益和施工质量。
- 咨询专业律师：虽然我是王少卿律师，但在此仍要强调，面对复杂的工程款纠纷和工程质量反诉，建议你咨询专业律师以获取更具体的法律建议和策略。律师可以根据你的具体情况和当地法律法规，为你提供量身定制的法律服务。
- 关注诉讼时效：在提起诉讼或应对反诉时，你还需要关注诉讼时效问题。确保你的诉求在法定保护期限内提出，以避免因超过时效而丧失胜诉权。
最后，工程未经验收但对方已经使用的情况下起诉工程款并应对工程质量反诉是一个复杂的过程。你需要充分了解相关法律法规和司法实践，收集充分证据，并咨询专业律师以获取更具体的法律建议。如果你有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。