结论：个体工商户员工将部分客户占为己有自己经营的行为，一般是不合法的，可能涉及侵犯商业秘密、不正当竞争以及违反劳动合同或竞业限制协议等法律问题。
详细分析：
侵犯商业秘密：
- 如果个体工商户的客户信息、交易习惯、价格策略等构成商业秘密，并且员工在未经许可的情况下，将这些信息用于自己或他人的经营活动中，就可能构成侵犯商业秘密。根据《反不正当竞争法》的相关规定，侵犯商业秘密的行为是违法的，并可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
不正当竞争：
- 员工利用在个体工商户工作期间获得的客户资源和信息，自己经营或帮助他人经营与个体工商户相同或相似的业务，可能构成不正当竞争。这种行为会损害个体工商户的合法权益，破坏市场竞争秩序，根据《反不正当竞争法》的规定，也是违法的。
违反劳动合同或竞业限制协议：
- 如果员工与个体工商户签订了劳动合同或竞业限制协议，并且协议中明确规定了员工在离职后一定期限内不得从事与个体工商户相同或相似的业务，或者不得挖走客户等，那么员工将部分客户占为己有自己经营的行为就违反了这些协议。根据《劳动合同法》的相关规定，员工可能需要承担违约责任，包括支付违约金、赔偿损失等。
法律建议：
对于个体工商户：
- 应加强商业秘密的保护，与客户签订保密协议，明确保密义务和违约责任。
- 在劳动合同中明确竞业限制条款，包括竞业限制的范围、期限、补偿等，以维护自身的合法权益。
- 一旦发现员工有上述违法行为，应及时收集证据，通过法律途径维护自身权益。
对于员工：
- 应遵守职业道德和法律法规，不得利用在个体工商户工作期间获得的客户资源和信息从事违法活动。
- 如果与个体工商户签订了竞业限制协议，应严格遵守协议规定，避免因此承担法律责任。
可能后果：
- 如果员工的行为被认定为侵犯商业秘密或不正当竞争，可能面临民事赔偿、行政处罚甚至刑事责任。
- 如果员工违反了劳动合同或竞业限制协议，可能需要支付违约金、赔偿损失，并可能影响其未来的职业发展。
总之，个体工商户员工将部分客户占为己有自己经营的行为是不合法的，可能涉及多个法律问题。因此，建议个体工商户和员工都应加强法律意识，遵守相关法律法规和合同约定，以维护自身的合法权益和市场的公平竞争秩序。如有任何疑问或需要进一步的法律帮助，请直接向我咨询。