针对您提出的“公司用自己员工成立个体户有实际交易开成本发票是否合法”的问题，我们可以从法律和实务两个层面进行深入分析。

首先，从法律层面来看，利用员工注册个体户并开具成本发票以冲抵公司成本，若存在无实际业务往来或资金支付不真实的情况，则构成偷税行为。根据《中华人民共和国税收征收管理法》第六十三条的规定，纳税人若通过伪造、变造账簿、记账凭证，或在账簿上多列支出、不列或少列收入，或进行虚假的纳税申报等手段，不缴或少缴应纳税款的，均被视为偷税。对于偷税行为，税务机关将追缴其不缴或少缴的税款、滞纳金，并处以不缴或少缴税款百分之五十以上五倍以下的罚款；若构成犯罪，还将依法追究刑事责任。

接下来，我们结合一个实务案例来进一步说明。南京某房产经纪有限公司曾利用员工注册个体工商户，并取得增值税普通发票以冲抵经营成本。然而，经税务机关调查核实，该公司与这些个体工商户之间并无实际业务往来，也无资金支付记录，实际为虚列成本。最终，该公司被税务机关认定为偷税行为，并受到了相应的行政处罚，包括补缴税款、滞纳金以及罚款。

因此，对于公司而言，利用员工注册个体户并开具成本发票的行为必须建立在真实、合法的业务往来基础之上。如果公司试图通过这种方式来降低企业所得税税负，而实际上并无真实交易或资金支付，那么这种行为将构成偷税，不仅会面临税务机关的严厉处罚，还可能对公司的声誉和长期发展造成负面影响。

综上所述，公司用自己员工成立个体户并开具成本发票的行为，其合法性取决于是否存在真实、合法的业务往来和资金支付。若存在虚假交易或资金支付不真实的情况，则构成偷税行为，将受到法律的制裁。因此，建议公司在处理此类事务时务必谨慎行事，确保所有操作均符合法律法规的要求。